זוהי אפליקציית לינוקס בשם ParaSim שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור parasim-v0.05.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם ParaSim עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
ParaSim
תיאור
הערכות גיוון והשוואות של מאגרי מידע גדולים של מתחמים דורשות חישוב קווי דמיון של מיליוני מתחמים בזמן סביר. ParaSim נותנת מענה לאתגר זה על ידי הקבילה לחישובים לפי מספר ליבות המחשוב הזמינות במכונה אחת. הוא מותאם לתפוקה של מספר גדול מאוד של מבני שאילתה מול מספר גדול מאוד של מבני התייחסות. בתור תכונה מיוחדת, ParaSim מאפשרת לאחסן ולגשת למערכי נתונים שנשאלו לעתים קרובות כאובייקטים מתמשכים בזיכרון לזמני תגובה קצרים.
ParaSim מחשב קווי דמיון כימיים על סמך טביעות אצבע מבניות בינאריות. הוא אינו מחשב טביעות אצבע בעצמו אלא מסתמך על תוכנת צד שלישי לשם כך. בעיקרון, כל סוגי טביעות האצבע המבניות שניתן לאחסן במערך של ביטים (ערכת סיביות) יכולים לשמש את ParaSim.
ראה את הוויקי (https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) לתיעוד מפורט.
משוב מוערך מאוד!
תכונות
- עושה שימוש בליבות מחשוב מרובות
- יכול לאחסן טביעות אצבעות ולגשת אליהן בזיכרון
- תוצאות שדווחו: מזהה מולקולת שאילתה, מזהה מולקולת התייחסות, מקדם דמיון, ולחלופין, נתונים נוספים כמו Smiles/InChi-Key/Chime מחרוזת וכו'.
- מאפשר מספר התאמות מוגדר על ידי משתמש לכל שאילתה וספי דמיון
- מאפשר גדלי ביטים שונים של טביעת אצבע
- מספק מידע מפורט על התקדמות על פי בקשה
- אין צורך בהתקנה
- קורא טביעות אצבע כ-Base64-bitsets מקודדות מקבצי .txt או .txt.gz
- יישומי הדגמה עבור RDKit, PipelinePilot(TM) ו- Knime כלולים
- סקריפטים כלולים לחיפוש ישירות מקובצי SDF או Smiles
קהל
מפתחים, משתמשי קצה/דסקטופ, בודקים, מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת פקודה, מסוף/מסוף
שפת תכנות
C, Perl, Python
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/parasim/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
