זוהי אפליקציית לינוקס בשם Protospacer Workbench שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם Protospacer Workbench עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
Protospacer שולחן עבודה
תיאור
Protospacer Workbench עוזר לתכנן, לנתח ולשתף אתרי יעד של CRISPR עבור כל אורגניזם או קבוצה של רצפים בפורמט FASTA.עיצוב של RNA-guide עבור מערכת העריכה של הגנום CRISPR/Cas הוא קל אינטואיטיבית, אך קשה מבחינה חישובית. הקושי העיקרי נובע מהצורך לזהות פוטנציאל מחוץ למטרות שעשויות להיות שונות למדי מהמטרה המיועדת. כלים מקוונים נוכחיים לעיצוב RNA-guide מספקים ממשק ידידותי למשתמש לתוכנות מיפוי רצף כגון Bowtie או BLAST. עם זאת, למרות שהם מהירים, אלגוריתמי המיפוי הללו לא תוכננו עם סובלנות גבוהה לשגיאות, תכונה קריטית לקביעת יעדים פוטנציאליים. איפה שכלים מקוונים נכשלים, כלים לא מקוונים מצליחים. עם זאת, כלים לא מקוונים דורשים ידע בשורת הפקודה אשר למעטים, המעסיקים CRISPR, יש. Protospacer Workbench שואפת לגשר על הפער בין עיצוב מדריך-RNA מקוון ולא מקוון. התוכנה זמינה כעת עבור OS X ותועבר למערכות הפעלה אחרות בקרוב.
תכונות
- מצא את כל יעדי CRISPR הזמינים במהירות
- הערך ביסודיות עיצובי מדריך-RNA
- שתף מטרות ורשימות RNA-מדריך
- עיצוב לכל אורגניזם
- ניהול מסדי נתונים מרובים
- זרימת עבודה שלב אחר שלב
- קבל דוחות על ביצועים צפויים של מדריך-RNA
- השתמש במספר כלים של צד שלישי מממשק אחד
- עיצוב רב מטרות
- נהל רשימות מטרות/מדריך-RNA גדולות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
