זוהי אפליקציית לינוקס בשם SnowyOwl, שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם SnowyOwl עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
SnowyOwl
תיאור
SnowyOwl הוא צינור חיזוי גנים המשתמש בנתוני RNA-Seq כדי להכשיר ולספק רמזים ליצירת תחזיות גנים מבוססות Hidden Markov (HMM), ולהעריך את המודלים המתקבלים. הצינור עבר תיקוף וייעול על ידי השוואת תחזיותיו למודלים של גנים שנאספו באופן ידני בשלושה גנומים פטרייתיים, והתוצאות שלו מראות עליות משמעותיות ברגישות ובסלקטיביות בהשוואה לתחזיות גנים קודמות. רגישות מושגת על ידי הפעלה חוזרת של מנבא הגן HMM Augustus עם פרמטרי קלט מגוונים, וסלקטיביות על ידי בחירת המודלים עם ההומולוגיה הטובה ביותר לחלבונים ידועים וההסכמה הטובה ביותר לנתוני RNA-Seq. SnowyOwl חזה בהצלחה גנים ב-26 גנומים פטרייתיים חדשים.
ניתן להתקין את הצינור באופן מקומי עבור תפוקה גבוהה ושליטה על התצורה. ניתן להפעיל אותו גם על שרת מרוחק באמצעות ממשק אינטרנט נוח לשימוש מדי פעם.
תכונות
- חיזוי גנים באמצעות נתוני RNA-Seq
- רגישות וספציפיות גבוהה
- צינור התייעל ואושר עם מודלים של גנים שנאספו באופן ידני
- ניתן להגדרה גבוהה
- תצורת ברירת מחדל עבור פטריות ascomycete ו-basidiomycete
- התקן והפעל באופן מקומי לשליטה וגמישות
- הפעל מרחוק דרך ממשק אינטרנט מטעמי נוחות
קהל
מדע/מחקר, משתמשי קצה מתקדמים
ממשק משתמש
מבוסס אינטרנט, שורת פקודה, GTK+
שפת תכנות
פייתון, PHP
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
