זוהי אפליקציית Windows בשם CRISPR-offinder-v1-2, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד כ-CRISPR-offinder-1.2.zip. ניתן להריץ אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל אונליין את האפליקציה הזו בשם CRISPR-offinder-v1-2 עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל כל אמולטור מקוון של OS OnWorks מאתר זה, אך עדיף אמולטור מקוון של Windows.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Windows שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה והתקן אותה.
- 7. הורד את Wine ממאגרי התוכנה שלך להפצות לינוקס. לאחר ההתקנה, תוכל ללחוץ פעמיים על האפליקציה כדי להפעיל אותם עם Wine. אתה יכול גם לנסות את PlayOnLinux, ממשק מפואר מעל Wine שיעזור לך להתקין תוכניות ומשחקים פופולריים של Windows.
Wine היא דרך להפעיל תוכנת Windows על לינוקס, אך ללא צורך ב-Windows. Wine היא שכבת תאימות של Windows בקוד פתוח שיכולה להריץ תוכניות Windows ישירות על כל שולחן עבודה של לינוקס. בעיקרו של דבר, Wine מנסה להטמיע מחדש מספיק של Windows מאפס כדי שהוא יוכל להריץ את כל יישומי Windows מבלי להזדקק ל-Windows.
בצילומי מסך
Ad
CRISPR-offinder-v1-2
תיאור
אין ספק שלמערכת CRISPR/Cas יש פוטנציאל גדול לעריכת גנום. ביקוע אתר מטרה על ידי טכנולוגיית CRISPR דורש מוטיב סמוך של פרוטוספייסר (PAM) מיד במורד הזרם או במעלה הזרם של אלמנט הפרוטוספייסר שאליו נקשר ה-sgRNA. עם זאת, Cas9 מסוגים שונים של חיידקים או וריאנטים מזהה רצפי PAM שונים. כדי לענות על הצרכים של מערכות CRISPR שונות באמצעות עיצוב sgRNA ספציפי ויעיל, פותח CRISPR-offinder.
בהינתן קובץ FASTA קלט של אתרי המטרה ושאילתות לגנום הייחוס וכן למערכת CRISPR עם אורך מרווח מוגדר ורצף PAM, כלי עצמאי זה יזהה אתרים משוערים ויקצה פעילות צפויה על סמך מודל מכונת וקטורי תמיכה שבוצע על ידי sgRNA Scorer 2.0. בנוסף, sgRNAs עם פעילות מינימלית מחוץ למטרה ניבאו על ידי Cas-OFFinder, וניקודם באמצעות Off-Target Cutting Frequency Determination (CFD).
תכונות
- CRISPR-offinder יכול לספק לביולוג המחקר כלי לזיהוי מהיר ויעיל של אתרי מטרה איכותיים.
- ניתן להשתמש בתוכנה זו לתכנון ספריות sgRNA עבור כל מין
- ז'או ואחרים, (2017) CRISPR-offinder: תכנון RNA מנחה CRISPR וכלי חיפוש מחוץ למטרה עבור מוטיב סמוך של פרוטוספייסר מוגדר על ידי המשתמש. כתב העת הבינלאומי למדעי הביולוגיה.
שפת תכנות
פרל
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להוריד גם מאתר https://sourceforge.net/projects/crispr-offinder-v1-2/. היא אוחסנה ב-OnWorks על מנת שניתן יהיה להפעיל אותה באופן מקוון בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.