これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド alf です。
プログラム：
NAME
alf - アライメントフリーの配列比較
SYNOPSIS
アルフ [オプション] -i IN.FASTA [-o OUT.TXT]
DESCRIPTION
IN.FASTA のアライメントフリーのメソッドを使用して配列のペアごとの類似性を計算します。
そして、ペアごとのスコアを含むタブ区切りの行列を OUT.TXT に書き出します。
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示します。
- バージョン
バージョン情報を表示
-v, -詳細
指定すると、進行状況に関する詳細が画面に出力されます。
入出力：
-i, - 入力ファイル FILE
multi-FASTA 入力ファイルの名前。有効なファイルタイプは、fa および fasta です。
-o, -出力ファイル FILE
ペアごとのスコアを含むタブ区切りの行列が保存されるファイルの名前
に書かれています。デフォルトでは、stdout に書き込みます。有効なファイルタイプは: alf.tsv です。
一般的なアルゴリズムパラメータ:
-m, - 方法 METHOD
使用する方法を選択します。 N2、D2、D2Star、D2z のいずれか。デフォルト: N2。
-k, --k-mer-サイズ K
k-mer のサイズ。デフォルト: 4。
-も, --bg-モデル注文 注文
背景マルコフ モデルの順序。デフォルト: 1。
N2 アルゴリズムパラメータ:
-rc, --逆補数 モード
どのストランドに得点するか。両方のストランドを同時にスコアリングするには、both_structs を使用します。 XNUMXつ
入力、両方のストランド、平均、最小、および最大の。デフォルト: 入力。
-んん, --不一致 不一致
不一致の数。0 または 1 のいずれか。1 を使用すると、N2 は k-mer-neighbor を使用します。
0 つ不一致があります。デフォルト: XNUMX。
-うーん, --不一致の重み 重量
不一致のある単語のカウントの実数値の重み。デフォルト: 0.1。
-kwf, --k-mer-weights-ファイル ファイル.TXT
指定されている場合は、すべてのシーケンスの k-mer 重みをこのファイルに出力します。有効なファイルタイプは次のとおりです。
txt。
連絡先と参照先
ご質問やコメントについては、以下までご連絡ください。
ジョナサン・ゴーク <[メール保護]>
ALF または N2 メソッドを使用した場合は、次の出版物を参照してください。
あなたの分析:
ジョナサン・ゲーク、マルセル・H・シュルツ、ジュリア・ラセール、マーティン・ヴィンロン。の推定
単語近傍カウントによる哺乳類エンハンサーのペアごとの配列類似性。
バイオインフォマティクス (2012)。
プロジェクトのホームページ：
http://www.seqan.de/projects/alf
VERSION
alf バージョン: 1.1 最終更新日: 5 年 2012 月 XNUMX 日
onworks.net サービスを使用してオンラインで alf を使用する
