これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドaltree-add-Spです。
プログラム：
NAME
altree-add-S - タイトル...
SYNOPSIS
altree-add-S [オプション]
オプション：
--version プログラムのバージョン
--short-help|h 簡単なヘルプ メッセージ
--help オプションの説明を含むヘルプ メッセージ
--manの完全なドキュメント
--first-input-file|i 入力ファイル 1
--second-input-file|j 形質 (定性的または定量的) に関する入力ファイル 2 データ
--output-file|o 出力ファイル
--epsilon|e イプシロン値
--data-type|t データ型: SNP または DNA
--proportion|p サンプル内のケースの割合 (定性データのみ)
--data-qual|q データ型: 定性的または定量的
[--outgroup|g] アウトグループの名前
--low|l ハプロタイプが -l 回以下存在する場合、S の状態は「?」に設定されます。
OPTIONS
- バージョン
プログラムのバージョンを出力して終了します。
--短いヘルプ
簡単なヘルプメッセージを印刷して終了します。
- 助けて オプションの説明を含むヘルプ メッセージを出力して終了します。
- 男 マニュアルページを印刷して終了します。
--最初の入力ファイル|i
入力ファイル 1 (paup または phylip ファイル)
--XNUMX 番目の入力ファイル|j
入力ファイル 2 には、特定のハプロタイプがケースごとに保持される回数が含まれます。
個人（定性的データ）または定量的値を管理する
特定のハプロタイプに対応する (定量的データ)
--出力ファイル|o
出力ファイル
--イプシロン|e
espilon パラメータ (ドキュメントの式を参照)
--データ型|t
データの種類: DNA (ATGCU) または SNP (0-1)
--割合|p
サンプル内の感染者の割合
--アウトグループ|g
アウトグループの名前 (ケース数と
ハプロタイプごとのコントロール)
--data-qual|q
データが定性的か定量的かを指定する
--低|l ハプロタイプが -l 回以下存在する場合、S の状態が設定されます。
に "？"
DESCRIPTION
この プログラム 入力内の各ハプロタイプに新しい文字 (「文字 S」と呼ばれる) を追加します。
ケースとそれを運ぶコントロールの数に応じてファイルを作成します。
onworks.net サービスを使用してオンラインで altree-add-Sp を使用する
