これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド asnval です。
プログラム：
NAME
asnval - ASN.1 生物学的配列記録を検証する
SYNOPSIS
アスンヴァル [-] [-A] [-B] [-C N] [-D] [-E STR] [-F] [-G] [-J] [-K] [-L ファイル名] [-M]
[-N フラグ] [-P N] [-Q N] [-R N] [-S N] [-T] [-U] [-X] [-Y] [-Z] [-a type] [-b] [-c]
[-d path] [-e] [-f STR] [-i ファイル名] [-k] [-l] [-o ファイル名] [-p path] [-q] [-r] [-u]
[-v N] [-x STR]
DESCRIPTION
アスンヴァル は、ASN.1 形式の生物学的配列レコードを検証するためのコマンドライン ツールです。
OPTIONS
オプションの概要は以下に含まれています。
- 使用状況メッセージを印刷する
-A アライメントの検証
-B バーコードの検証
-C N 最大数
-D メッセージ抑制を無効にする
-E STR 表示するエラーコードのみ
-F ネットワークアクセスをテストする
-G 登録からの GI ルックアップ
-J ISO-JTA が必要ですか?
-K エラーファイルの概要
-L ファイル名
ログファイル
-M locus_tag を一般 ID と照合する
-N フラグ
緯度経度・国旗
0なし
1 つのテスト州/県
2 水の例外を無視する
3 上記両方
-P N 表示されるエラーの最も高い重大度:
0なし
1 情報提供
2警告
3 エラー (デフォルト -Q)
4 つの拒否理由 (デフォルト) -P, -R)
-Q N 表示されるエラーの最も低い重大度 (ごとに) P
-R N 戻りコードのエラーの重大度 (ごと) P
-S N スキップ数
-T スレッドを使用する
-U ゲノムセンターへの提出
-X エクソンスプライスチェック
-Y 古いIDと照合する
-Z リモート CDS 製品の取得
-a type
入力 ASN.1 タイプ:
a 自動 (デフォルト)
c 連結された
z 任意
e seq-Entry
b バイオセク
bioseq-Set
m 秒-subMit
バッチ bioseq セット
uバッチseq-sUbmit
-b バッチファイルはバイナリです
-c バッチファイルは圧縮されています
-d path
インデックス付きバイナリ ASN.1 データへのパス
-e 転写/翻訳の例外を無視する
-x STR 部分文字列フィルター
-i ファイル名
単一の入力ファイル (デフォルトでは標準入力)
-k ローカルフェッチ
-l コンポーネントを事前にロックする
-o ファイル名
単一の出力ファイル
-p path
ASN.1 ファイルへのパス
-q 分類法の検索
-r IDからのリモート取得
-u 再帰
-v N 冗長性：
1 標準レポート (デフォルト)
2 アクセッション/重大度/コード (スペース区切り)
3 アクセッション/重大度/コード(タブ区切り)
4 XMLレポート
5 アクセッション/GI/重大度/コード(タブ区切り)
-x STR ファイル選択部分文字列 (.ent デフォルト）
onworks.net サービスを使用してオンラインで asnval を使用する
