これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bamtools です。
プログラム：
NAME
bamtools - BAM (ゲノムアライメント) ファイルを操作するためのツールキット
SYNOPSIS
バムツール [--ヘルプ] コマンド [ARGS]
DESCRIPTION
BamTools は、BAM ファイルを使用した調査分析とデータ管理を容易にします。 対応します
現在のシーケンス技術によって生成される膨大な量のデータは、通常、
圧縮されたバイナリ形式で保存されているため、テキストベースのパーサーでは簡単に処理できません。
バイオインフォマティクス研究で一般的に使用されます。
OPTIONS
変換
BAM と他の多数の形式の間で変換します
count BAM ファイル内のアライメントの数を出力します。
カバレッジ
入力 BAM ファイルからカバレッジ統計を出力します。
filter ユーザー指定の基準によって BAM ファイルをフィルタリングします
header BAM ヘッダー情報を出力します。
Index BAM ファイルのインデックスを生成します
merge 複数の BAM ファイルを XNUMX つのファイルにマージします
ランダム 既存の BAM ファイルからランダムなアラインメントを選択します。テストを目的としています。
ツール。
解決する
ペアエンド読み取りを解決します (必要に応じて IsProperPair フラグをマークします)。
revert 重複したマークを削除し、元の基本品質を復元します。
sort いくつかの基準に従って BAM ファイルを並べ替えます。
Split ユーザー指定のプロパティに基づいて BAM ファイルを分割し、新しい BAM 出力ファイルを作成します。
見つかったそれぞれの値
stats 入力 BAM ファイルからいくつかの基本的な統計を出力します。
特定のコマンドの詳細については、「bamtools help COMMAND」を参照してください。
onworks.net サービスを使用してオンラインで bamtools を使用する
