これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bowtieXNUMX-align-s です。
プログラム：
NAME
bowtie2-align-s - シーケンスを調整するための超高速でメモリ効率の高いバックエンド ツール
長い参照シーケンスへの読み取り
DESCRIPTION
ベン・ラングミードによるボウタイ2バージョン2.2.6（[メール保護]、www.cs.jhu.edu / 〜langmea）
USAGE
bowtie2-align [オプション] * -x {-2 -2 | -U } [-S ]
インデックスファイル名プレフィックス（末尾の.X.bt2を引いたもの）。 注：Bowtie1およびBowtie2のインデックス
互換性がありません。
＃1メイトのファイル、 。
＃2メイトのファイル、 。
読み取りが対になっていないファイル。
SAM出力用のファイル（デフォルト：stdout）
、 、 カンマ区切りのリスト（空白なし）にすることができ、指定することができます
何度も。 例 '-U file1.fq、file2.fq -U file3.fq '。
OPTIONS （デフォルト in 括弧）
入力：
-q クエリ入力ファイルはFASTQ.fq / .fastq（デフォルト）です
--qseq クエリ入力ファイルはイルミナのqseq形式です
-f クエリ入力ファイルは（multi-）FASTA .fa / .mfa
-r クエリ入力ファイルは、行ごとにXNUMXつのシーケンスです。
-c 、 、 シーケンス自体であり、ファイルではありません
-s/ - スキップ
最初をスキップ入力の読み取り/ペア（なし）
-u/ - まで
最初の後に停止します読み取り/ペア（制限なし）
-5/-trim5
トリム5 'からの塩基/読み取りの左端（0）
-3/-trim3
トリム3 'からの塩基/読み取りの右端（0）
--phred33
品質はPhred + 33（デフォルト）です
--phred64
品質はPhred + 64です
--int-quals
スペース区切りの整数としてエンコードされた品質
プリセット：
と同じ：
- 端から端まで:
- とても早い -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S、0,2.50
- 速い -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S、0,2.50
- センシティブ -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S、1,1.15（デフォルト）
- 非常に敏感 -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S、1,0.50
- ローカル:
-非常に速い-ローカル -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S、1,2.00
--高速ローカル -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S、1,1.75
--センシティブ ローカル -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S、1,0.75（デフォルト）
-非常に敏感-ローカル -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S、1,0.50
アライメント：
-N
max＃シードアライメントの不一致。 0または1（0）にすることができます
-L
シード部分文字列の長さ。 > 3、<32（22）である必要があります
-i
シードサブストリング間の間隔w / r / t read len（S、1,1.15）
--n-天井
alnで許可される最大＃非A / C / G / Tの関数（L、0,0.15）
--dpad
含むDPテーブルの側面にある追加の参照文字（15）
--gbar
内のギャップを禁止する極端な読み取りの核（4）
--ignore-quals
すべての品質値をPhredスケールで30として扱います（オフ）
--今 読み取り（オフ）の前方（元の）バージョンを整列させない
--norc 読み取りの逆補完バージョンを整列させない（オフ）
--no-1mm-前払い
最適なシードをスキャンする前に、1つのミスマッチアライメントを許可しないでください
アラインメント
- 端から端まで
読み取り全体を揃える必要があります。 クリッピングなし（オン）
OR
- ローカル
ローカルアラインメント; 端がソフトクリップされている可能性があります（オフ）
採点：
--ま
マッチボーナス（0 - 端から端まで2は - ローカル)
--mp
不一致に対する最大ペナルティ。 より低いクォール=より低いペナルティ（6）
--np
読み取り/参照における非A / C / G / Tのペナルティ（1）
--rdg 、
ギャップを開いて読み取り、ペナルティを延長する（5,3）
--rfg 、
参照ギャップを開いて、ペナルティを延長する（5,3）
--スコア-分 最小許容アライメントスコアw / r / t読み取り長
（ローカルの場合はG、20,8、エンドツーエンドの場合はL、-0.6、-0.6）
レポート：
（デフォルト）
MAPQを使用して、複数のアラインメントを探し、最適なレポートを作成します
OR
-k
まで報告する読み取りあたりのアルン; MAPQは意味がありません
OR
-a/ - 全て
すべての配置を報告します。 非常に遅い、MAPQは意味がない
努力：
-D
後に延長をあきらめる失敗した行が続く（15）
-R
反復シードを使用した読み取りの場合は、 シードのセット（2）
ペアエンド：
-I/-minins
最小フラグメント長（0）
-X/ -maxins
最大フラグメント長（500）
- NS/ -rf / -ff -1, -2 仲間はfw / rev、rev / fw、fw / fw（- NS)
-混合なし
ペアリードのペアになっていないアライメントを抑制する
-不一致なし
ペアリードの不一致なアライメントを抑制する
-ダブテールなし
仲間がお互いを超えて伸びるときは一致しません
-含まない
XNUMXつのメイトアライメントに他のアライメントが含まれている場合は一致しません
-重複なし
配偶者がまったく重なっている場合は一致しません
出力：
-t/ - 時間
検索フェーズにかかった実時間の印刷
- 静かな
重大なエラーを除いて、stderrに何も出力しません
--met-ファイル
メトリックをファイルに送信します（オフ）
--met-stderr
メトリックをstderrに送信（オフ）
--会った
内部カウンターとメトリックを毎回報告する秒（1）
-- ノーナル
アラインされていない読み取りのSAMレコードを抑制します
-頭なし
ヘッダー行、つまり@で始まる行を抑制します
--ノースクエア
@SQヘッダー行を抑制します
--rg-id
読み取りグループIDを設定し、@ RG行とRG：Zに反映：optフィールド
--rg
追加（ "lab：value"）からSAMヘッダーの@RG行へ。 注：@RG行のみが印刷されます
いつ --rg-id 設定されています。
--省略秒シーケンス
二次配置のSEQおよびQUALフィールドに「*」を入力します。
パフォーマンス：
-p/-スレッド起動するアライメントスレッドの数（1）
-並べ替え
SAMの出力順序を入力読み取りの順序と一致させる
- んん インデックスにメモリマップドI / Oを使用します。 多くの「蝶ネクタイ」は共有できます
その他：
--qc-フィルター
QSEQフィルターに従って不良な読み取りをフィルターで除外します
- シード
乱数ジェネレーターのシード（0）
-非決定論的 シードランド。 gen。 読み取り属性を使用する代わりに任意に
- バージョン
バージョン情報を印刷して終了します
-h/ - ヘルプ
この使用法メッセージを印刷する
onworks.net サービスを使用してオンラインで bowtie2-align-s を使用する
