これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bp_biofetch_genbank_proxyp です。
プログラム：
NAME
bp_biofetch_genbank_proxy.pl - GenBank 用の BioFetch 互換 Web プロキシのキャッシュ
SYNOPSIS
Webサーバーのcgi-binディレクトリにインストールします。 下がってください。
DESCRIPTION
この CGI スクリプトは、「」で説明されているように、BioFetch プロトコルのサーバー側として機能します。
http://obda.open-bio.org/Specs/。 XNUMX つのデータベース アクセス サービスを提供します。XNUMX つはデータ用です。
ソース「genbank」（ヌクレオチドエントリ）と、もう XNUMX つはデータソース「genpep」（タンパク質）
エントリ）。
このスクリプトは、そのリクエストを NCBI の eutils スクリプトに転送することで機能します。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi。 次に、出力を再フォーマットします
BioFetch 形式に従って、シーケンスを処理して返すことができます。
Bio::DB::BioFetch モジュール。 返されたエントリは、Web サーバーの一時的にキャッシュされます。
ファイル システムにより、頻繁にアクセスされるエントリを別のラウンドなしで取得できるようになります。
NCBIへの旅行。
インストール
このスクリプトを実行するには、以下がインストールされている必要があります。
1) パール
2) Perl モジュール LWP および Cache::FileCache
3) Web サーバー (Apache を推奨)
このスクリプトをインストールするには、Web サーバーの cgi-bin ディレクトリにコピーします。 あなたは欲しいかもしれません
名前を短くする。 「dbfetch」をお勧めします。
スクリプトの先頭には、調整が必要な定数がいくつかあります。
これらは、次のとおりです。
キャッシュ_ロケーション
これは、キャッシュされたファイルが配置されるファイルシステム上の場所です。 の
デフォルトは /usr/tmp/dbfetch_cache です。
MAX_SIZE
これは、キャッシュが拡張できる最大サイズです。 キャッシュがこのサイズを超える場合
古いエントリは自動的に削除されます。 デフォルト設定は 100,000,000 バイトです
（100 MB）。
有効期限
この期間アクセスされなかったエントリはキャッシュから削除されます。
デフォルトは 1 週間です。
パージ
この定数は、古いエントリのキャッシュをパージする頻度を指定します。 デフォルト
は1時間です。
TESTING
このスクリプトが期待どおりに実行されているかどうかを確認するには、次のスクリプトを使用してテストします。
Bio::DB::BioFetch を使用します。
私の $db = Bio::DB::BioFetch->new(-baseaddress=>'http://localhost/cgi-bin/dbfetch',
-format =>'genbank',
-db =>'genbank');
私の $seq = $db->get_Seq_by_id('DDU63596');
print $seq->seq,"\n";
これにより、DNA 配列が出力されるはずです。
onworks.net サービスを使用してオンラインで bp_biofetch_genbank_proxyp を使用する
