これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bp_fetchp です。
プログラム：
NAME
bp_fetch.pl - bioperl インデックス付きデータベースからシーケンスをフェッチします
SYNOPSIS
bp_fetch.pl スイス:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net::genbank:JX295726
bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.place::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG スイス:ROA1_HUMAN
DESCRIPTION
Bioperl の DB アクセス システムを使用してシーケンスをフェッチします。 これの最も一般的な用途は
bpindex.pl を使用して構築された bioperl インデックスからの bp_fetch シーケンス、またはシーケンスのフェッチ
NCBIのサイトより
シーケンスを取得するためのフォーマットは、意図的に GCG/EMBOSS フォーマットのようになっています。
次のとおりです。
データベース:名前
「メタ」データベースタイプを入れる可能性があるため、
メタ::データベース:名前
メタ情報は、XNUMX つのタイプのいずれかになります。
local - ローカルのインデックス付きフラット ファイル データベース
net - ネットワーク化された http: ベースのデータベース
ace - ACeDB データベース
この情報は、メタ データベース情報を持たないデータベース名の場合、デフォルトで「ローカル」になります。
OPTIONS
-fmt - 出力フォーマット
Fasta (デフォルト)、EMBL、Raw、swiss、または GCG
-acc - 文字列はアクセッション番号であり、
id。
専門家専用オプション
-dir - インデックス ファイルを検索するディレクトリ
(BIOPERL_INDEX 環境変数をオーバーライドします)
-タイプ- 開く DBM ファイルのタイプ
(BIOPERL_INDEX_TYPE 環境変数をオーバーライドします)
ENVIRONMENT
bp_index と bp_fetch は、環境変数を使用してデータベースが存在する場所を調整します
BIOPERL_INDEX。 これは、-dir オプションを使用してオーバーライドできます。 索引タイプ (SDBM または
DB_File または別のインデックス ファイル) は、BIOPERL_INDEX_TYPE 変数によって制御されます。 この
デフォルトはSDBM_File
使用する IT あなた自身
bp_fetch は、Bio::DB::BioSeqI をサポートする bioperl モジュールのラッパーです。
抽象的なインターフェース。 これらには以下が含まれます：
著者コード
James Gilbert - Fasta インデクサー、Abstract インデクサー
Aaron Mackay - GenBank および GenPept DB アクセス
Ewan Birney - EMBL .dat インデクサー
多くの人 - SeqIO コード
これらのモジュールは直接使用できます。これは、このスクリプトをシステムとして使用するよりもはるかに優れています。
呼び出しまたは読み取るパイプ。 bp_fetch のソース コードを読んで、その使用方法を確認してください。
拡張 IT
bp_fetch は、多数の異なるモジュールを使用して、データベースへのアクセスを提供します。 任意のモジュール
Bio::DB::BioSeqI インターフェイスをサブスクライブするものをここで使用できます。 フラットファイル用
インデクサーの場合、これは Bio::Index::Abstract を拡張することによって行うのが最適です。
Bio::Index::EMBL と Bio::Index::Fasta。 他のデータベースにアクセスするには、
独自のインターフェイスを展開します。
新しい出力形式の場合、新しい SeqIO モジュールを追加する必要があります。 一番簡単なのは見てみる
Bio::SeqIO::Fasta で、自分のフォーマット用にハックする方法を見つけてください (何かと呼んでください)。
明らかに違う）。
フィードバック
郵送 リスト
ユーザーフィードバックは、このモジュールおよび他のBioperlモジュールの進化の不可欠な部分です。 送信
できればBioperlメーリングリストへのコメントや提案。 あなたの参加
非常に高く評価されています。
[メール保護] - 一般的なディスカッション
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists -メーリングリストについて
レポート作成 バグ
バグをBioperlバグ追跡システムに報告して、バグとそのバグを追跡できるようにします。
解像度。 バグレポートはWeb経由で送信できます。
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
onworks.net サービスを使用してオンラインで bp_fetchp を使用する
