これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bp_search2alnblocksp です。
プログラム：
NAME
bp_search2alnblocks - SearchIO で解析可能なレポートを整列されたブロックのセットに変換します
SYNOPSIS
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue EVALUE ファイル 1。
blast file2.blast ...> out.fas
DESCRIPTION
このスクリプトは、BLAST (または Bio::SearchIO が解析できる他の形式) の出力を解析およびフィルタリングします。
HSPに基づいてアラインメントのブロックとしてアラインメントをフォーマットします。 これは
解析された入力ファイルに必要なものが含まれている場合に機能します。
通常、これは BLAST 出力を入力用の FASTA アライメント形式に変換するために使用できます。
RNA遺伝子のQRNA比較遺伝子ファインダー（E.Rivas）に。
OPTIONS
--maxevalue HSP の最大 E 値
--minevalue HSP の最小 E 値
--minlen HSP の最小長 [デフォルト 0]
--maxid 最大パーセント ID [デフォルト 100]
(非常に近いシーケンスを削除するのに役立ちます)
--minid HSP の最小パーセント ID [デフォルト 0]
-i/--input オプションの入力ファイル名 (デフォルトでは STDIN での入力が想定されます)
-o/--output オプションの出力ファイル名 (デフォルトで STDOUT にエクスポート)
-f/--format 別の検索アライメント形式を指定します-
{fasta、axt、waba、blast、blastxml} はすべて許可されています
ただし、形式には実際の配置が必要です
このスクリプトが機能するためのシーケンス
Lを見る詳細については。
-of/--outformat アラインメント ブロックの出力形式、何でも
L サポートします。
-v/--verbose デバッグをオンにする
著者 - ジェイソン スタジッチ
ジェイソン・スタジッチ、jason-at-bioperl-dot-org。
onworks.net サービスを使用してオンラインで bp_search2alnblocksp を使用する
