これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドbp_sreformatpです。
プログラム：
NAME
bpsreformat-シーケンス形式を変換します
DESCRIPTION
このスクリプトは、シーケンス形式の変換を可能にするSeqIOシステムを使用します。
シーケンスデータまたはマルチプルアラインメントデータ。 名前はショーンが
Eddyのプログラムsreformat（HMMER pkgの一部）はすでにこれを行っています。 ショーンのプログラムは
私たちのコードで入力フォーマットを推測するには、現在、何を指定する必要があります
入力および出力フォーマットは、データがマルチプルアラインメントまたはからのものである場合
ストレートシーケンスファイル。
使用法：
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i ファイル名 -o output.FORMAT
-h /-helpこのヘルプを印刷する
-if /-informat入力フォーマットを指定します
-of /-outformat出力フォーマットを指定します
-i /-input入力ファイル名を指定します
（STDINでデータを渡すには、ファイル名としてマイナス記号を使用します）
-o /-output出力ファイル名を指定します
（STDOUTでデータを渡すには、ファイル名としてマイナス記号を使用します）
--msaこれがマルチプルアラインメントデータであることを指定します
--special特別なパラメータをAlignIO / SeqIOに渡します
オブジェクト-これらのほとんどはBio :: AlignIOオブジェクト用です
以下のカンマ区切りリスト
nointerleaved-phylipの場合、非インターリーブ形式
idlinebreak-phylipの場合、molphy形式にします
パーセンテージ-clustalwの場合、XNUMX行あたりの％idを表示します
onworks.netサービスを使用してオンラインでbp_sreformatpを使用する
