これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド cd-hit-para です。
プログラム：
NAME
cd-hit-para.pl - cd-hit または cd-hit-est ジョブを実行するために、大きなクラスタリング ジョブをいくつかの部分に分割します
SYNOPSIS
cd-hit-para.pl オプション
DESCRIPTION
このスクリプトは、大きなクラスタリング ジョブをいくつかの部分に分割し、ジョブをリモートに送信します。
コンピュータをネットワーク経由で並列化します。 すべての仕事が終わった後、
スクリプトは、単一の cd ヒットを実行するかのようにクラスタリング結果をマージします。
cd-hit-est。
コンピュータが対応している場合は、これを使用して XNUMX 台のコンピュータ上で大きなジョブを分割することもできます。
十分な RAM がありません ( -L オプション）。
認定要件：
1 このスクリプトをネットワーク上で実行すると、
スクリプトを実行すると、入力ファイルがすべてのリモート ホストで利用可能になる必要があります。
同じパス。
2 ジョブを送信するために「ssh」を選択した場合は、次のものが必要です。
任意のリモート ホストへのパスワードなし ssh。設定方法については ssh マニュアルを参照してください。
パスワードなしの ssh。
3 SSH の代わりにキューイング システムを使用することをお勧めします。
現在、PBS と SGE をサポートしています
4 cd-hit cd-hit-2d cd-hit-est cd-hit-est-2d
cd-hit-div cd-hit-div.pl は、このスクリプトが存在するディレクトリと同じディレクトリにある必要があります。
オプション
-i fasta 形式でファイル名を入力、必須
-o 出力ファイル名、必須
--P プログラム、「cd-hit」または「cd-hit-est」、デフォルトは「cd-hit」
--B ホストのリストのファイル名、
そうでない場合は必須 -Q or -L オプションが付属しています
--L ローカル コンピュータ上の CPU の数、デフォルトは 0
クラスター上で実行していない場合は、このオプションを使用して大きなクラスターを分割できます。
ジョブを小さな部分にクラスタリングする場合は、「--L 1」を使用することをお勧めします。
各 CPU に十分な RAM
--S 入力 DB を分割するセグメントの数、デフォルトは 64
--Q キューキューシステムに送信するジョブの数、デフォルトは 0
デフォルトでは、プログラムは ssh モードを使用してリモート ジョブを送信します。
--T キューイング システムのタイプ、「PBS」、「SGE」がサポートされています、デフォルトの PBS
--R 再起動ファイル、実行のクラッシュ後に使用されます
-h このヘルプを印刷する
コマンドラインでさらに多くの cd-hit/cd-hit-est オプションを指定できます
質問、バグがある場合は、Weizhong Li までお問い合わせください。 [メール保護]
onworks.net サービスを使用してオンラインで cd-hit-para を使用する
