これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド ClonalFrame です。
プログラム：
NAME
ClonalFrame - 多遺伝子座配列データを使用した細菌の微小進化の推論
SYNOPSIS
ClonalFrame [OPTIONS] 入力ファイル 出力ファイル
DESCRIPTION
ClonalFrame は、サンプルのメンバー間のクローン関係を識別します。
また、相同組換えイベントの染色体位置を推定します。
クローン遺伝を破壊しました。
オプション：
-x NUM バーンイン後の反復回数を設定します (デフォルトは 50000)
-y NUM バーンインの反復回数を設定します (デフォルトは 50000 です)。
-z NUM サンプル間の反復回数を設定します (デフォルトは 100)
-e NUM 反復ごとの分岐交換移動の回数を設定します (デフォルトでは、
時間はブランチの交換に費やされます)
-m NUM theta の初期値を NUM に設定します (デフォルトは Watterson 推定値です)。
-d NUM デルタの初期値を NUM に設定します (デフォルトは 0.001 です)。
-n NUM nu の初期値を NUM に設定 (デフォルトは 0.01)
-r NUM R の初期値を NUM に設定 (デフォルトは初期シータ/10)
-M theta の値を更新してください
-D delta の値を更新しない
-N nu の値を更新しない
-R R の値を更新しない
-T トポロジを更新しない
-A ノードの年齢を更新しない
-G すべてのギャップを削除します
-H 非多形位置のすべてのギャップを削除します
-t NUM 使用する初期ツリーを示します: null ツリーの場合は 0、均一に選択されたツリーの場合は 1
合体ツリーと UPGMA ツリーの場合は 2 (デフォルト)
-w FILE
初期ツリーに Newick ファイルを使用
-a NUM nu のベータ事前分布の最初のパラメータを設定します
-b NUM nu のベータ事前分布の XNUMX 番目のパラメーターを設定します。
-U ロー、シータ、デルタに均一な事前分布を使用
-B バーストモードで実行
-C サイトごとのブートストラップ プロシージャを使用して UPGMA モードで実行する
-c フラグメントごとのブートストラップ プロシージャを使用して UPGMA モードで実行する
-S NUM 乱数ジェネレーターのシードを NUM に設定します
-E NUM 指数増加率を設定します (デフォルトは 0)。
-I 位置合わせの最初のブロックを無視します
-L ClonalFrame を実行する前に配置をクリーンアップする
-l 50 つの参照サイト間の最小距離 (デフォルトは XNUMX)
-v 冗長モード
onworks.net サービスを使用してオンラインで ClonalFrame を使用する
