これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド cmfetch です。
プログラム：
NAME
cmfetch - ファイルから共分散モデルを取得します
SYNOPSIS
cmfetch [オプション]
(という名前の CM を取得します)
cmfetch -f [オプション]
(リストされているすべての CM を取得します) )
cmfetch - 索引 [オプション]
(インデックス取得用）
DESCRIPTION
から XNUMX つ以上の CM を取得します。 (大規模な Rfam データベースなど)。
非常に高速な取得を可能にするには、インデックスを作成します。 まず、使用して cmfetch - 索引。 インデックス
という名前のバイナリ ファイルです .ssi。
デフォルトのモードでは、名前またはアクセッションによって単一の CM を取得します。 。
例：
% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005
-f オプション、 代わりに、XNUMX つ以上のキーのリストを含むものが読み取られます。
空白以外のコメント行の最初の空白区切りフィールド
として使用されます 、 そして、ライン上の残りのデータは無視されます。 これにより、さまざまなことが可能になります
として使用される空白区切りのデータファイル s.
使用時 -f フォルダーとその下に 、 if インデックスが作成されている場合、キーは
発生する順序 、 でも インデックスが作成されていないため、キーは次の場所で取得されます。
発生する順序 。 これは実装の副作用です。
たとえ のような巻き戻し不可能なストリームです
標準的な入力パイプ。
通常使用時（使用しない場合） - 索引 or -f オプション）、 '-' (ダッシュ) の場合があります。これは、意味します。
からの入力を読み取る stdin ファイルではなく。 とともに - 索引 オプション、 じゃないかもしれない
'-'; 標準入力ストリームにインデックスを付けることは意味がありません。 とともに -f オプション、どちらか
or (両方ではありません)「-」になる場合があります。 読むと特に役立つことがよくあります
標準入力から。これにより、任意のコマンドラインを使用できるようになります。
呼び出して CM 名またはアクセッションのリストを作成し、それらをすべて新しいファイルにフェッチします。
たった XNUMX つのコマンドで。
デフォルトでは、CM は Infernal-1.1 形式で標準出力に出力されます。
OPTIONS
-h ヘルプ; コマンドラインの使用法と利用可能なすべてのオプションの簡単なリマインダーを印刷します。
-f XNUMX 番目のコマンドライン引数は、 単一の代わりに 。
各行の最初のフィールド 検索として使用されます (CM名
または加入）。 空白行とコメント行 (# 文字で始まる行) は
無視されます。
-o CMをファイルに出力 標準出力の代わりに。
-O CM を名前付きの個別のファイルに出力します。 標準出力の代わりに。 とともに
-f オプションを使用すると、多数のファイルが作成される可能性があります。
- 索引
から XNUMX つ以上のプロファイルを取得する代わりに、 、 インデックスを付ける for
将来の回収。 これにより、 .ssi バイナリインデックスファイル。
onworks.net サービスを使用してオンラインで cmfetch を使用する
