cmtk-groupwise_warp - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

groupwise_warp - 非剛体集団登録

SYNOPSIS

groupwise_warp [オプション] affineGroupRegistration

DESCRIPTION

このツールは、入力画像の母集団を同時に非剛体的に登録します。
テンプレート、「凝固」アルゴリズムまたはグループごとの類似性測定ベースのいずれかを使用
相互情報量の連続近似 (「RMI」) について。

OPTIONS

グローバル BHツールキット オプション （これら 　 shared by を CMTK ツール)
- 助けて
基本的なコマンドラインオプションのリストを標準出力に書き込みます。

--ヘルプ-オール
基本および高度なコマンドラインオプションの完全なリストを標準出力に書き込みます。

--ウィキ
コマンドラインオプションのリストをMediaWikiマークアップの標準出力に書き込みます。

- 男
マニュアルページのソースを「nroff」マークアップで標準出力に書き込みます。

- バージョン
ツールキットのバージョンを標準出力に書き込みます。

- エコー
現在のコマンドラインを標準出力に書き込みます。

--詳細レベル
詳細レベルを設定します。

-詳細, -v
詳細レベルを1増やします（非推奨。下位互換性のためにサポートされています）。

-スレッド
並列スレッドの最大数を設定します（POSIXスレッドおよびOpenMPの場合）。

参加申し込み メトリック オプション
--rmi
RMI (別名地域相互情報量) メトリックを使用して、登録を促進します)。

- 凍る
ピクセル単位のスタック エントロピーを使用した凝固アルゴリズムを使用して、
登録 [この is 　 ディフォルト]

テンプレート 画像 オプション
- レンプレート , -t
テンプレート画像を指定されたファイルでオーバーライドします。 [ディフォルト： なし]

--データ付きテンプレート , -T
ユーザー提供のテンプレート画像のピクセル データを登録に使用する [ディフォルト： 無効]

複合溶液 計測パラメータ
--ダウンサンプルから , -d
初期ダウンサンプリング係数 [4]。 [ディフォルト： 4]

--ダウンサンプル先 , -D
最終的なダウンサンプリング係数 [1]。 [ディフォルト： 1]

--サンプリング密度 , -s
確率的サンプリング密度 [デフォルト: オフ]。 [ディフォルト： ～1】

出力 オプション
--出力ルート , -O
すべての出力ファイルのルート ディレクトリ。 [ディフォルト： なし]

- 出力 , -o
グループごとの登録アーカイブの出力ファイル名。 [ディフォルト： groupwise.xforms ]

-- 出力平均
登録平均画像の出力ファイル名。 [ディフォルト： 平均.にい ]

--出力平均なし
平均的なイメージを書かないでください。

-- 平均立方体
平均画像に三次補間を使用します (デフォルト: 線形)

画像 オプション および 業務執行統括
--force-背景 , -B
背景ピクセル (FOV の外側) を指定された (ビン) 値に強制します。 [ディフォルト： 無効]

--ヒストグラム-ビン , -H
エントロピー評価用のヒストグラム ビンの数を設定します。 [ディフォルト： 無効]

--クロップヒストグラム
イメージ ヒストグラムをトリミングして、ヒストグラム ビンをより有効に活用します。

--マッチヒストグラム
すべての画像ヒストグラムをテンプレート データ (テンプレート画像がない場合は最初の画像) に一致させます。
与えられた）

--repeat-match-ヒストグラム
ボリュームの変化を考慮してヒストグラムベースの強度マッチングを頻繁に繰り返す
プロポーション。

--スムーズピクセル
テンプレート画像のピクセル サイズの倍数でのガウス スムージング カーネルのシグマ
[ディフォルト： 無効]

--smooth-cps
制御点デルタの倍数でのガウス スムージング カーネルのシグマ [ディフォルト：
無効]

変換 計測パラメータ
--グリッド間隔
コントロールポイントのグリッド間隔。 [ディフォルト： 40]

--grid-spacing-fit
ボリューム FOV に適合するグリッド間隔を使用する

--リファイングリッド , -r
変換グリッドを調整する回数 [デフォルト: 0]。 [ディフォルト： 0]

変換 制約 オプション
--ゼロサム, -z
ゼロサム計算を強制します。

--ゼロサムノーアフィン
アフィン成分を除いてゼロサム計算を強制します。

--normal-group-first-n , -N
最初の N 個の画像は通常のグループからのものであり、偏りなく登録する必要があります。
[ディフォルト： 0]

--ゼロサムファーストn , -Z
最初の N 個のイメージに対してゼロサム計算を強制します。 [ディフォルト： 無効]

--jacobian-weight , -J
ヤコビの体積保存制約の重み [デフォルト: オフ] [ディフォルト： 0]

--曲げエネルギー重量 , -E
グリッド曲げエネルギー正則化制約の重み [デフォルト: オフ] [ディフォルト： 0]

最適化 計測パラメータ
--探検 , -e
ピクセル単位での最適化の探索 [ディフォルト： 0.25]

- 正確さ , -a
ピクセル単位の最適化の精度 [ディフォルト： 0.01]

--ステップ係数 , -S
連続する最適化パスのステップ係数 [ディフォルト： 0.5]

--delta-f-threshold
ターゲットの相対的な変化があった場合に最適化（レベル）を終了するためのオプションのしきい値
関数がこの値を下回ります。 [ディフォルト： 0]

--部分勾配閾値 , -p
部分的な勾配をゼロにするためのしきい値係数 [<0 をオフにする] [ディフォルト： 0]

--activate-uninformative
有益ではない可能性があるコントロール ポイントをアクティブにする

--disable-cp-マスク
コントロール ポイントが含まれる領域を定義するマスク イメージ (テンプレート グリッドに一致) へのパス
無効にする必要があります。 これにより、マスクの前景領域が変形しないことが保証されます。
[ディフォルト： なし]

--最適化を無効にする
最適化を無効にし、初期構成を出力します。

作者

Torsten Rohlfing、Michael P. Hasak、Greg Jefferis、CalvinR​​からの寄稿。
Maurer、Daniel B. Russakoff、およびYaroslav Halchenko

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