cmtk-imagemath - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

imagemath - 画像操作

DESCRIPTION

スタックベースの後置表記を使用してイメージに対する操作を実行します。

画像はファイルから読み取ってスタックにプッシュできます。 スタック上の画像は、
さまざまな演算子を介して処理および結合されます。 すべての操作の結果が元に戻されます
それらはスタックに保存され、そこでさらに処理したり、イメージ ファイルに書き戻したりすることができます。

OPTIONS

Global BHツールキット オプション （これら 　 shared by を CMTK ツール)
- 助けて
基本的なコマンドラインオプションのリストを標準出力に書き込みます。

--ヘルプ-オール
基本および高度なコマンドラインオプションの完全なリストを標準出力に書き込みます。

--ウィキ
コマンドラインオプションのリストをMediaWikiマークアップの標準出力に書き込みます。

- 男
マニュアルページのソースを「nroff」マークアップで標準出力に書き込みます。

- バージョン
ツールキットのバージョンを標準出力に書き込みます。

- エコー
現在のコマンドラインを標準出力に書き込みます。

--詳細レベル
詳細レベルを設定します。

-詳細, -v
詳細レベルを1増やします（非推奨。下位互換性のためにサポートされています）。

-スレッド
並列スレッドの最大数を設定します（POSIXスレッドおよびOpenMPの場合）。

入出力 管理ツール
- の
入力画像をスタックの先頭に読み込みます

- アウト
出力イメージをスタックの先頭から書き込みます (ただし、スタック上に残します)。

-- パディング値の設定
以降に読み込む画像のパディング値として解釈される値を設定します。

--unset-padding
パディングを無効にします。 以降に読み取られるイメージ内のすべての値は実際のものとして解釈されます。
データ。

インナー 設定
- 浮く
計算と結果に単精度を使用する [この is 　 ディフォルト]

- ダブル
計算と結果に倍精度を使用する

スタック 管理ツール
- ポップ
スタックからトップ画像をポップ（破棄）します。

--dup
スタックの一番上にイメージを複製します。

- すべて
次の単一イメージ操作をスタック上のすべてのイメージに適用します。

単一画像 演算子
- 塗りつぶし
上の画像を定数値で塗りつぶします (つまり、すべてのピクセルに値を割り当てます)

--腹筋
abs()関数をトップ画像に適用する

- ログ
log()関数をトップ画像に適用する

-ロジット
log(x/(1-x))関数をトップ画像に適用

--ロジスティック
1/(1+exp(-x))関数をトップ画像に適用

--exp
トップ画像にexp()関数を適用

--sqr
正方形演算子をトップ画像に適用する

--sqrt
トップ画像に平方根演算子を適用

--trunc
上の画像のすべての値を整数に切り捨てる

--ワンオーバー
各ピクセルについて、その値 x を 1.0/x に置き換えます。

--scalar-mul
上の画像にスカラー値を乗算します

--スカラー-追加
上の画像の各ピクセルにスカラーを追加します。

--スカラー-xor
トップレベルと指定されたスカラー値の間のビットごとの排他的論理和

--スカラー-そして
トップレベルと指定されたスカラー値の間のビット単位のAND演算

--thresh-below
指定されたしきい値未満の値をしきい値に設定します。

--thresh-above
指定されたしきい値を超える値をしきい値に設定します。

画像 ペア 演算子
- 追加
先頭と XNUMX 番目の画像を追加し、結果をスタックに配置します

--mul
一番上の画像と XNUMX 番目の画像を乗算し、結果をスタックに配置します

--div
上の画像を XNUMX 番目の画像で除算し、結果をスタックに配置します

--atan2
2 つの画像ピクセル ペアをタップして atanXNUMX() 関数を計算し、結果をスタックに配置します

--マッチヒストグラム
あるイメージの強度をスケールして、別のイメージの強度と一致させます。 最後にプッシュされた画像
スタックに追加すると、参照強度分布が得られます。前の画像は、
変更されます。 両方の入力イメージがスタックから削除され、変更されたイメージが
スタックにプッシュされます。

--match-mean-sdev
XNUMX つの画像の強度をスケールして、別の画像の平均値と標準偏差を一致させます。 の
スタックにプッシュされた最後の画像は基準強度分布を提供します。
先ほどの画像が修正されます。 両方の入力画像がスタックから削除され、
変更されたイメージがスタックにプッシュされます。

--match-mean-sdev3
他の XNUMX つの画像から計算された係数とオフセットによって画像の強度をスケールします。
平均と標準偏差を一致させます。 スタックにプッシュされた最後のイメージ
は基準強度分布を示し、前の画像は
参照画像と一致する強度分布、およびその上の XNUMX 番目の画像
スタックが変更されます。 XNUMX つの入力イメージはすべてスタックから削除され、
変更されたイメージがスタックにプッシュされます。

--マスク平均
マスクの平均化: 上の画像はマルチラベルマスクとして取得されます。 内のピクセルは、
XNUMX 番目の画像はマスク ラベルによって平均化され、平均値に置き換えられます。
マスクラベルごとに。

複雑な 算術
--complex-div
複素除算、(a+ib)/(c+id)、XNUMX つの値が順番にスタックに置かれると仮定
あいうえお。 結果をスタックに置きます。実数が最初、虚数が XNUMX 番目です (つまり、虚数は
上）。

オペレーター それ 縮小することはできません。 　 全体 スタック に a 画像
- 和
スタック上のすべての画像を合計し、結果をスタックに配置します

- 製品
スタック上のすべてのイメージの積を計算し、結果をスタックに配置します

- 平均
スタック上のすべての画像を平均し、結果をスタックに配置します

- 分散
ピクセルごとに、スタック上のすべての画像の分散を計算し、結果をスタックに配置します

--combine-pca
PCA を使用して、相関が最も大きい方向に投影して画像を結合します。

--最大値
ピクセルごとに、すべての画像の最大値を計算し、結果をスタックに配置します

--最小値
ピクセルごとに、すべての画像の最小値を計算し、結果をスタックに配置します

--最大インデックス
ピクセルごとに、最大値を持つ画像の INDEX を計算し、結果をスタックに配置します

オペレーター それ 縮小することはできません。 a スタック of ラベル 画像 に a ラベル 画像
- 投票する
スタック上のすべての画像を投票と結合し、結果をスタックに配置します

--ステープル
STAPLE アルゴリズムの [arg] 回の反復を使用して、スタック上のバ​​イナリ マップを結合します。 の
この操作の結果は、「重み」 W の空間マップです。
各ピクセルにおける画像の前景の確率。 「冗長」モードでは、専門家が推定
パラメータ p (感度) と q (特異性) も標準出力に書き込まれます。

--契約ラベル
最初のラベル マップを (すべての画像上で) 選択することで、複数のラベル マップを XNUMX つに縮小します
stack) 各ピクセルの非ゼロラベル

--mstaple
マルチクラスの [arg] 反復を使用して、スタック上のマルチラベル マップを結合します。
STAPLE アルゴリズム。この操作の結果は、結合された最大尤度です。
マルチラベルマップ。

--mstaple-議論中
前の操作と同様に、マルチクラス STAPLE アルゴリズムを適用しますが、計算を制限します
「議論のある」ボクセル、つまり入力ラベル マップが一致しないボクセル。 これは頻繁に
バックグラウンド効果などを軽減することで結果を改善します。

--スタックエントロピーラベル
整数 (ラベル) 入力画像から各ピクセルでスタック エントロピーを計算します

作者

Torsten Rohlfing、Michael P. Hasak、Greg Jefferis、CalvinR​​からの寄稿。
Maurer、Daniel B. Russakoff、およびYaroslav Halchenko

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