これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド cmtk-reformatx です。
プログラム：
NAME
Reformatx - ボリュームリフォーマッタ
SYNOPSIS
reformatx [オプション] --floating floatingImg ターゲット x0 [x1 ...]
OR 再フォーマット [オプション] ターゲット [x0 x1 ...] {-j,--jacobian} xx0 [xx1 ...]
OR WHERE x0 ... xN および xx0 ... xxN は [{-i,--inverse}] 変換## です。 (最初の場合
シーケンス内の変換が反転される場合、「--inverse」の前に「--」を付ける必要があります。
つまり、「-- --inverse xform.path」を使用します）。
DESCRIPTION
再フォーマットされたイメージとヤコビアン マップを計算するための拡張ボリューム リフォーマッタ ツール
連結された変換の任意のシーケンス
OPTIONS
グローバル BHツールキット オプション （これら shared by を CMTK ツール)
- 助けて
基本的なコマンドラインオプションのリストを標準出力に書き込みます。
--ヘルプ-オール
基本および高度なコマンドラインオプションの完全なリストを標準出力に書き込みます。
--ウィキ
コマンドラインオプションのリストをMediaWikiマークアップの標準出力に書き込みます。
- 男
マニュアルページのソースを「nroff」マークアップで標準出力に書き込みます。
- バージョン
ツールキットのバージョンを標準出力に書き込みます。
- エコー
現在のコマンドラインを標準出力に書き込みます。
--詳細レベル
詳細レベルを設定します。
-詳細, -v
詳細レベルを1増やします（非推奨。下位互換性のためにサポートされています）。
-スレッド
並列スレッドの最大数を設定します（POSIXスレッドおよびOpenMPの場合）。
--出力タイプ
出力イメージのスカラー データ型。 サポートされている値: 「char」、「byte」、「short」、
「ushort」、「int」、「uint」、「float」、「double」、または次のいずれかを使用します。
- char
8ビット、符号付き
- バイト
8ビット、符号なし
- 短い
16ビット、符号付き
-ushort
16ビット、符号なし
-int
32ビット符号付き
--uint
32ビット符号なし
- 浮く
32ビット浮動小数点
- ダブル
64ビット浮動小数点
--パッドアウト , -P
出力画像のパディング値 [ディフォルト： 0]
オプション for シンプルスタイル 再フォーマット
- 補間
画像補間方式。 サポートされている値: 「linear」、「nn」、「cubic」、「pv」、「sinc-」
cosine」、「sinc-hamming」、デフォルトは「linear」、または次のいずれかを使用します。
- 線形
トリリニア補間 [この is ディフォルト]
--nn 最近傍補間
- キュービック
三立方補間
--pv 部分ボリューム補間
--sinc-コサイン
コサインウィンドウによる Sinc 補間
--sinc-ハミング
ハミングウィンドウによる Sinc 補間
--sinc-ウィンドウ-半径
Sinc補間のウィンドウ半径 [ディフォルト： 3]
--保持質量
大量保存再フォーマット: すべての再フォーマット値にヤコビアンを乗算します。
適用される変換の決定要因。
オプション for ヤコビアン ゲレンデマップ 再フォーマット
--jacobian-correct-グローバル
ヤコビアン マップを地球規模に合わせて修正します。
--no-jacobian-correct-global
ヤコビアン マップを地球規模に合わせて修正しないでください。 [この is ディフォルト]
入力 オプション
-- ターゲット グリッド
再フォーマットするターゲット グリッドを Nx,Ny,Nz:dX,dY,dZ[:Ox,Oy,Oz] として定義します
(寸法:ピクセル:オフセット)
- マスク, -m
対象となるピクセルデータをバイナリマスクとして使用します。
- 作物
切り抜き対象画像：x0,y0,z0,x1,y1,z2
--ターゲットオフセット , -O
ターゲット イメージのオフセットをオーバーライドし、x、y、z mm に設定します
--ターゲットオフセットピクセル
ターゲット イメージのオフセットをオーバーライドし、dx、dy、dz ピクセルに設定します
- フローティング , -F
フローティング画像の形式とパス。 [ディフォルト： なし]
--パッドフローティング
フローティング画像のパディング値 [ディフォルト： 無効]
出力 オプション
--outfile , -o
出力イメージの形式とパス。 [ディフォルト： 再フォーマット.nii ]
画像/変換 データベース
--db
新しく作成されたもので更新する必要がある画像/変換データベースへのパス
画像。 [ディフォルト： なし]
作者
Torsten Rohlfing、Michael P. Hasak、Greg Jefferis、CalvinRからの寄稿。
Maurer、Daniel B. Russakoff、およびYaroslav Halchenko
onworks.net サービスを使用して cmtk-reformatx をオンラインで使用する
