これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレータ、MAC OSオンラインエミュレータなど、複数の無料オンラインワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドcmtk-volume_reconstructionです。
プログラム：
NAME
volume_reconstruction - ボリュームの再構築
SYNOPSIS
volume_reconstruction [オプション] refImage xform0 inImage0 [xform1 inImage1 ...]
DESCRIPTION
逆補間法または
関節のぼやけ除去
OPTIONS
Global BHツールキット オプション （これら shared by を CMTK ツール)
- 助けて
基本的なコマンドラインオプションのリストを標準出力に書き込みます。
--ヘルプ-オール
基本および高度なコマンドラインオプションの完全なリストを標準出力に書き込みます。
--ウィキ
コマンドラインオプションのリストをMediaWikiマークアップの標準出力に書き込みます。
- 男
マニュアルページのソースを「nroff」マークアップで標準出力に書き込みます。
- バージョン
ツールキットのバージョンを標準出力に書き込みます。
- エコー
現在のコマンドラインを標準出力に書き込みます。
--詳細レベル
詳細レベルを設定します。
-詳細, -v
詳細レベルを1増やします（非推奨。下位互換性のためにサポートされています）。
-スレッド
並列スレッドの最大数を設定します（POSIXスレッドおよびOpenMPの場合）。
入力 オプション
--最初の画像を除外する, -x
最初の画像を別の登録対象画像として再構成から除外する）
- 作物
ピクセル領域 x0,y0,z1:x1,y1,z1 への切り取り参照
-パスウェイト , -W
パスのコントリビューションウェイトを「pass：weight」の形式で設定します
再建 グリッド
--偵察グリッド
再構築グリッドをNx,Ny,Nz:dX,dY,dZ[:Ox,Oy,Oz] (dims:pixel:offset)として定義します。
--recon-grid-path , -R
再構成された画像グリッドを定義するグリッドへのパスを指定します（オフセットを含む） [ディフォルト：
なし]
初期 出来高 注射 技術パラメータ
--等方性注入
等方性ボリューム注入を使用する[そうでない場合: パスイメージのピクセルサイズに応じてスケーリング
寸法]
-- インジェクション-カーネル-シグマ , -S
ピクセルサイズの倍数でのボリュームインジェクションのガウスカーネルの標準偏差
各方向に。 [ディフォルト： 1]
-- 注入カーネル半径 , -r
インジェクションカーネルの切り捨て半径係数。 カーネルはで切り捨てられます
sigma * radius、ここでsigmaはカーネルの標準偏差です。 [ディフォルト： 2]
出来高 再建 オプション
--逆補間カーネル
逆補間再構成用のカーネルサポートされている値： "cubic"、
「linear」、「hamming-sinc」、「cosine-sinc」、デフォルトは「cubic」、または次のいずれかを使用します
以下
- キュービック, -C
三立方補間 [この is ディフォルト]
- 線形, -L
トリリニア補間（高速ですが精度は低くなります）
-ハミング-sinc, -H
ハミングウィンドウのsinc補間
-コサイン-sinc, -O
コサインウィンドウのsinc補間（最も正確ですが最も遅い）
--ぼかし除去
ジョイントぼかし除去のための点広がり関数を近似するカーネル形状
再構築（いずれかを選択すると逆補間再構築が無効になります）
サポートされる値: 「box」、「gaussian」、または次のいずれかを使用します。
- 箱
箱型カーネル
-ガウス
ガウスカーネル
--psf
点広がり関数のサイズをx,y,zで明示的に設定します。「ぼかし除去」カーネルと併用します。
再建。
--psf-スケール
点広がり関数のサイズをこの値でスケールします。「ぼかし除去」カーネルと一緒に使用します。
再建。 [ディフォルト： 1]
最適化 技術パラメータ
--反復回数 , -n
逆補間の最大反復回数 [ディフォルト： 20]
--XNUMX次エラー, -f
最適化には、（XNUMX次ではなく）XNUMX次エラーを使用します。
正則化 技術パラメータ
--l-ノルムウェイト
TikhonovタイプのL-ノルム正則化の制約の重みを設定します（0は制約を無効にします）
[ディフォルト： 0]
-切り捨てなし, -T
非線形地域強度切り捨てをオフにする
出力 オプション
- 出力 , -o
最終的な再構成画像の出力パス [ディフォルト： 再構築.nii ]
--write-injected-image
初期ボリューム注入イメージをこのパスに書き込む [ディフォルト： なし]
--write-lowest-max-error-image
最小の最大エラーで再構築された画像を書き込むためのオプションのパス。 [ディフォルト：
なし]
--イメージをフロートとして書き込む, -F
出力画像を浮動小数点として書き込む
作者
Torsten Rohlfing、Michael P. Hasak、Greg Jefferis、CalvinRからの寄稿。
Maurer、Daniel B. Russakoff、およびYaroslav Halchenko
onworks.net サービスを使用して cmtk-volume_reconstruction をオンラインで使用する
