cmtk-warpx - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

warpx - B スプラインの非剛体登録

SYNOPSIS

ワーピクセル ReferenceImage FloatingImage InitialXform

DESCRIPTION

このプログラムは、多重解像度の最適化を使用して非剛体画像レジストレーションを実行します。
ボクセルベースの画像類似性測定と多重解像度 B スプライン変換
モデル。

OPTIONS

Global BHツールキット オプション （これら 　 shared by を CMTK ツール)
- 助けて
基本的なコマンドラインオプションのリストを標準出力に書き込みます。

--ヘルプ-オール
基本および高度なコマンドラインオプションの完全なリストを標準出力に書き込みます。

--ウィキ
コマンドラインオプションのリストをMediaWikiマークアップの標準出力に書き込みます。

- 男
マニュアルページのソースを「nroff」マークアップで標準出力に書き込みます。

--xml
コマンドライン構文仕様をXMLマークアップで記述します（スライサー統合用）。

- バージョン
ツールキットのバージョンを標準出力に書き込みます。

- エコー
現在のコマンドラインを標準出力に書き込みます。

--詳細レベル
詳細レベルを設定します。

-詳細, -v
詳細レベルを1増やします（非推奨。下位互換性のためにサポートされています）。

-スレッド
並列スレッドの最大数を設定します（POSIXスレッドおよびOpenMPの場合）。

変換 インポート・エクスポート
- イニシャル
指定されたパスから変換を初期化します [ディフォルト： なし]

--反転イニシャル
指定された (アフィン) 初期変換を反転します。

--write-itk-xform
ITK形式での最終変換の出力パス [ディフォルト： なし]

-書き込み-再フォーマット
再フォーマットされたフローティングイメージを書き込みます。 [ディフォルト： なし]

変換 パラメータ
--グリッド間隔
コントロールポイントのグリッド間隔 [ディフォルト： 10]

--グリッドリファイン
細分化の数 (コントロール ポイント グリッド解像度レベル) [ディフォルト： 0]

--遅延リファイン
コントロール ポイント グリッドの調整を遅延します。 まず次に高い画像解像度に切り替えます

--正確な間隔
正確な制御点間隔を使用します。 参照画像に合わせて間隔を変更しないでください
境界ボックス

-- エッジを無視
各画像面に沿った n 個のコントロール ポイント レイヤーを無視します [ディフォルト： 0]

- 制限
変形を座標次元 ['x'、'y'、'z' の XNUMX つ以上) に制限します。
[ディフォルト： なし]

--適応修正なし
コントロール ポイントの適応固定を無効にします。 すべての変形パラメータを最適化する

--adaptive-fix-thresh
ローカル制御点を修正するためのエントロピー基準のしきい値係数 [ディフォルト： 0.5]

- 正確な
正確な計算モード: 実質的に実行した後、わずかに良い結果が得られる可能性があります。
より長い計算 [この is 　 ディフォルト]

- 速い
高速計算モード: 正確なモードよりもわずかに悪い結果が得られる可能性がありますが、節約
かなりの CPU 時間

正則化 パラメータ
--jacobian-制約-重み
ヤコビアンベースのローカルボリューム保存制約の重み [ディフォルト： 0]

--smoothness-constraint-weight
XNUMX 次グリッド曲げエネルギーに基づいた滑らかさ制約の重み。
[ディフォルト： 0]

-- 逆一貫性の重み
逆整合性制約の重み [ディフォルト： 0]

-- 制約緩和係数
制約が不十分な反復を交互に行うための重み緩和係数 [ディフォルト： ～1】

--リラックスして展開する
各解像度レベルの前に、変形の負のヤコビアン領域を正規化します。
それらを展開します。

最適化 パラメータ
--最大ステップサイズ
オプティマイザーの最大ステップサイズ。これにより、検索スペースの探索が決まります。 [ディフォルト：
～1】

--min-stepsize
精度を決定する最小オプティマイザステップサイズ。 [ディフォルト： ～1】

--ステップファクター
検索ステップ サイズを縮小するための係数。 > 0.0 かつ < 1.0 である必要があります [デフォルト: 0.5]
[ディフォルト： 0.5]

--delta-f-threshold
ターゲットの相対的な変化があった場合に最適化（レベル）を終了するためのオプションのしきい値
関数がこの値を下回ります。 [ディフォルト： 0]

--no-maxnorm
最適化における勾配正規化には最大ノルムではなくユークリッドノルムを使用します

画像 分解能 パラメータ
- サンプリング , -s
画像サンプリング（最高のリサンプリング画像解像度） [ディフォルト： ～1】

-- 最も粗い
多重解像度階層での画像サンプリングの上限 [ディフォルト： ～1】

-- 元のデータを省略
最終登録段階では、元のデータをフル解像度で使用しないでください。

画像 データ
--登録メトリック
画像間レジストレーションによるモーションエスティメーションのレジストレーションメトリック。 サポートされています
値： "nmi"、 "mi"、 "cr"、 "rms"、 "msd"、 "ncc"、デフォルトは "nmi"、または使用
次のいずれか：

--nmi
正規化された相互情報量メトリック [この is 　 ディフォルト]

-- み 標準の相互情報量メトリック

--cr 相関比メトリック

--rms
二乗平均平方根メトリック（これはMSDの平方根です）

--msd
平均二乗差メトリック

--ncc
正規化された相互相関メトリック

フローティング 画像 補間 オプション
- 補間
フローティング画像サンプリングの内挿法：サポートされている値： "nearest-
「neighbor」、「linear」、「cubic」、「cosine-sinc」、「partial-volume」、「automatic」、ここで、
デフォルトは「自動」であるか、次のいずれかを使用します。

-最近傍
最近隣内挿法（強度およびラベルデータ用）

- 線形
トリリニア補間

- キュービック
三立方補間

-コサイン-sinc
コサインウィンドウのsinc補間（最も正確ですが最も遅い）

-部分ボリューム
部分ボリューム補間（ラベルデータ用）

-自動
データ型に基づいて補間を自動的に選択します：グレーレベルの線形
データ、ラベルデータの最近傍。 [この is 　 ディフォルト]

--マッチヒストグラム
フローティング画像のヒストグラムを参照画像のヒストグラムに一致させます。

--repeat-match-ヒストグラム
登録レベルごとにヒストグラムのマッチングを繰り返して、ボリュームを考慮します。
変化します。 マスクされたデータを登録するときは、--force- も使用することをお勧めします。
ヒストグラムの不一致を防ぐためのOutside-Value オプション。

--force-outside-value
不完全なピクセルをドロップするのではなく、視野外の値をこの値に強制します
足 [ディフォルト： 無効]

参照 画像 前処理
--クラス参照
データクラス：灰色（デフォルト）またはラベル [ディフォルト： なし]

--pad-ref
パディング値 [ディフォルト： 無効]

--thresh-min-ref
最小値の切り捨てしきい値 [ディフォルト： 無効]

--thresh-max-ref
最大値の切り捨てしきい値 [ディフォルト： 無効]

--プルーン-ヒストグラム-ref
ヒストグラムベースの剪定のビンの数 [ディフォルト： 無効]

-ヒストグラム均等化-ref
ヒストグラム均等化を適用する

--median-filter-radius-ref
指定された半径でメディアンフィルターを適用します [ディフォルト： 0]

--sobel-フィルター参照
Sobelエッジ検出フィルターを適用します

--crop-index-ref
ピクセルインデックス座標のトリミング領域[％d、％d、％d、％d、％d、％dとして解析
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [ディフォルト： なし]

--crop-world-ref
世界座標での領域のトリミング[％f、％f、％f、％f、％f、％fとして解析
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [ディフォルト： なし]

--crop-thresh-ref
しきい値に基づく自動トリミング [ディフォルト： 無効]

フローティング 画像 前処理
--クラス-flt
データクラス：灰色（デフォルト）またはラベル [ディフォルト： なし]

--pad-flt
パディング値 [ディフォルト： 無効]

--thresh-min-flt
最小値の切り捨てしきい値 [ディフォルト： 無効]

--thresh-max-flt
最大値の切り捨てしきい値 [ディフォルト： 無効]

--プルーン-ヒストグラム-flt
ヒストグラムベースの剪定のビンの数 [ディフォルト： 無効]

-ヒストグラム均等化-flt
ヒストグラム均等化を適用する

--メディアンフィルター半径-flt
指定された半径でメディアンフィルターを適用します [ディフォルト： 0]

--sobel-フィルター-flt
Sobelエッジ検出フィルターを適用します

--crop-index-flt
ピクセルインデックス座標のトリミング領域[％d、％d、％d、％d、％d、％dとして解析
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [ディフォルト： なし]

--crop-world-flt
世界座標での領域のトリミング[％f、％f、％f、％f、％f、％fとして解析
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [ディフォルト： なし]

--crop-thresh-flt
しきい値に基づく自動トリミング [ディフォルト： 無効]

出力 パラメータ
--アウトリスト , -o
最終変換の出力パス [ディフォルト： なし]

- 時間 , -t
計算時間統計出力ファイル名 [ディフォルト： なし]

--出力-中間
各レベルの変換を書き込みます [デフォルト: 最終変換のみを書き込みます]

画像/変換 データベース
--db
新しい画像/変換データベースへのパス
登録および/または再フォーマットされた画像。 [ディフォルト： なし]

作者

Torsten Rohlfing、Michael P. Hasak、Greg Jefferis、CalvinR​​からの寄稿。
Maurer、Daniel B. Russakoff、およびYaroslav Halchenko

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