これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド compalign です。
プログラム：
NAME
compalign - XNUMX つの複数のアライメントを比較します
SYNOPSIS
揃える [-オプション]
DESCRIPTION
揃える 信頼できるアライメントとテストの間の部分的な「同一性」を計算します。
アライメント。 XNUMX つのファイルには、まったく同じシーケンスがまったく同じ形式で含まれている必要があります。
オーダー。
複数の配列アラインメントの同一性は、複数の配列アラインメントの平均同一性として定義されます。
すべての N(N-1)/2 ペアワイズ アライメント。
XNUMX セットのペアワイズ アライメントの部分同一性は、次のように定義されます。
(整列された既知のシーケンス k1 と k2、および整列されたテスト シーケンス t1 と t2 の場合):
一致した列 / 合計列
ここで、合計列 = 含まれる列の合計数です。
k1 または k2 内の有効な (非ギャップ) シンボル。
一致した列 = いずれかの列が一致する列の数
次のことが当てはまります:
k1 と k2 は両方とも、指定された列に有効なシンボルを持っています。 t1 と t2
t1/t2 の列に同じシンボルが並んでいます。
アラインメント;
k1 には、k2 のギャップに位置合わせされたシンボルがあります。 t1 のシンボルは
ギャップにも整列します。
k2 には、k1 のギャップに位置合わせされたシンボルがあります。 t2 のシンボルは
隙間にも合わせられます。
考えられるすべてのペアのスコアが計算されるため、アルゴリズムは次数 (N^2)L になります。
長さ L の N 個のシーケンス。 大きなシーケンスセットには時間がかかります。
OPTIONS
利用可能なオプション：
-h 短いヘルプと使用法情報を印刷します。
-c マークされた #=CS コンセンサス構造の下でのみ比較してください。
--informat
両方の位置合わせがフォーマット(MSF など) であることを指定します。
- 静かな
冗長ヘッダーを抑制します (回帰テストで使用されます)。
onworks.net サービスを使用してオンラインで compalign を使用する
