これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド構成です。
プログラム：
NAME
compstruct - RNA 二次構造予測の精度を計算します。
SYNOPSIS
構成する [オプション] 信頼できるファイル テストファイル
DESCRIPTION
構成する RNA の二次構造予測の精度を、
塩基対ベース。 の 信頼できるファイル 信頼できる (既知の) RNA を含む XNUMX つ以上の配列が含まれています
二次構造の注釈。 の テストファイル 同じシーケンスが同じ中に含まれています
順序、予測された RNA 二次構造の注釈付き。 構成する 構造を読み取ります
それらを比較し、両方の感度（真の塩基対の数）を計算します。
が正しく予測される）と特異度（陽性的中率、
予測された塩基対は真実です）。 結果は個々のシーケンスごとに報告されます。
すべてのシーケンスをまとめてまとめます。
どちらのファイルにも、WUSS 表記の二次構造アノテーションが含まれている必要があります。 セレックスと
ストックホルム形式は現在、構造マークアップをサポートしています。
正しく予測された塩基対のデフォルトの定義では、真の対 (i,j) は次のとおりです。
予測されたペア (i,j) に完全に一致します。
Mathews、Zuker、Turner およびその同僚 (Mathews et al.、JMB 288:911-940、1999 を参照) は、
よりリラックスした定義。 マシューズは「正しい」を次のように定義しています。真のペア (i,j) は
次のペアのいずれかが予測された場合、正しく予測されます: (i,j)、(i+1,j)、(i-1,j)、
(i,j+1)、または (i,j-1)。 この規則により、XNUMX 塩基だけずれた「スリップしたヘリックス」が許容されます。 の -m
オプションは、感度と特異性の両方に対してこのルールを有効にします。 具体的に言うと、
ルールは逆転します。真の構造が存在する場合、予測ペア (i,j) は真であると見なされます。
1 つのペア (i,j)、(i+1,j)、(i-1,j)、(i,j+1)、または (i,j-XNUMX) のいずれかが含まれます。
OPTIONS
-h 簡単なヘルプを印刷します。 バージョン番号とすべてのオプションの概要が含まれます。
エキスパートのオプション。
-m 正確さを要求する代わりに、Mathews の緩和された精度ルール (上記を参照) を使用してください。
塩基対の予測。
-p 信頼できるまたは予測された精度に向けて、偽結び目のある塩基対をカウントします。
構造物。 デフォルトでは、擬似ノットは無視されます。
通常、 信頼できるファイル ほとんどの RNA にはシュードノットのアノテーションが付けられます。
二次構造予測プログラムは、擬似ノットを予測しません。 を使用して、 -p
オプションを使用すると、既知の予測を行わなかった場合に予測プログラムにペナルティを与えることができます
仮結び。 両方の場合、 信頼できるファイル と テストファイル 持ってる
疑似ノット アノテーション、 -p オプションを使用すると、評価時に擬似ノットをカウントできます。
予測精度。 ただし、擬似ノット対応のノードを使用する場合には注意してください。
を生成する予測プログラム テストファイル、 しかし 信頼できるファイル 持っていない
疑似ノットの注釈。 この場合、 -p 予測された疑似ノットにペナルティを与えます
たとえそれが正しいとしても、特異性を計算するとき、それらは現れないからです。
信頼できるアノテーション。 これはおそらくあなたがやりたいことではないでしょう。
EXPERT OPTIONS
--informat
XNUMX つのシーケンス ファイルが次の形式であることを指定します。 。 In この 場合、 両言語で ファイル
しなければなりません be in 同じ フォーマット。 デフォルトでは、ファイル形式が自動検出されます。
場合によっては異なる場合もあります (XNUMX つは SELEX、もう XNUMX つはストックホルム)。
- 静かな
詳細なヘッダー情報を出力しないでください。
onworks.net サービスを使用してオンラインで compstruct を使用する
