これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド cpgplot です。
プログラム：
NAME
cpgplot - ヌクレオチド配列内の CpG アイランドを特定してプロットします
SYNOPSIS
cpgプロット -シーケンス セコール -窓 整数 -ミンレン 整数 -ミノエ フロート -minpc フロート
-outfile アウトファイル -プロット トグル -グラフ キシグラフ -obsexp ブール値 -cg ブール値
-pc ブール値 -アウトフィート 偉業
cpgプロット -助けて
DESCRIPTION
cpgプロット EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Nucleic:CpG Islands」コマンド グループの一部です。
OPTIONS
入力
-シーケンス セコール
必須
-窓 整数
CG コンテンツのパーセンテージと CG の観察頻度は、
このパラメータによってサイズが設定されるウィンドウ。 ウィンドウがシーケンスの下に移動し、
これらの統計は、ウィンドウの移動先の各位置で計算されます。 デフォルト
値：100
-ミンレン 整数
これにより、CpG アイランドが報告されるまでに必要な最小長が設定されます。
デフォルト値：200
-ミノエ フロート
これは、セット内の C プラス G と CpG の観測値と期待値の比率の最小平均を設定します。
CpG アイランドが報告される前に必要な 10 のウィンドウのうち。 デフォルト値: 0.6
-minpc フロート
これにより、10 個のウィンドウのセットにおける G と C の最小平均パーセンテージが設定されます。
CpG アイランドが報告される前に必要です。 デフォルト値: 50。
出力
-outfile アウトファイル
これにより、入力シーケンス名 CpG のレポートを保持するファイルの名前が設定されます。
アイランドパラメータと、見つかった CpG アイランドの出力詳細。
-プロット トグル
デフォルト値：Y
-グラフ キシグラフ
-obsexp ブール値
これを true に設定すると、C と G の観測値と期待値の比率のグラフが表示されます。
ウィンドウ内のCpGが表示されます。 デフォルト値: Y
-cg ブール値
これを true に設定すると、次のように決定された領域のグラフが表示されます。
CpG 島が表示されます。 デフォルト値: Y
-pc ブール値
これを true に設定すると、ウィンドウ内のパーセンテージ C と G のグラフは次のようになります。
表示されます。 デフォルト値: Y
-アウトフィート 偉業
出力フィーチャ用のファイル
onworks.net サービスを使用してオンラインで cpgplote を使用する
