これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド create_matrix です。
プログラム：
NAME
create_matrix - ゲノム存在類似性行列を計算する
SYNOPSIS
マトリックスの作成 [オプション] 名前
DESCRIPTION
類似度行列を計算します。
最初に、読み取りシミュレーターを使用して、参照ゲノムごとに一連の読み取りがシミュレートされます。
core/tools.py で指定 -s. 第二に、各種のシミュレートされた読み取りがマッピングされます
で指定されたマッパーを使用して、すべての参照ゲノムに対して -m. 第三に、結果として
SAM ファイルは、類似性マトリックスを計算するために分析されます。 類似度行列が格納されます
numpy ファイルとして (-o).
OPTIONS
名前 名前ファイルのファイル名。 プレーンテキストの名前ファイルには、XNUMX つにつき XNUMX つの名前が含まれている必要があります。
ライン。 名前はアルゴリズム全体で識別子として使用されます。
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
-s シミュレーター、 --シミュレーター=SIMULATOR
core/tools.py で定義されている読み取りシミュレーターの識別子 [デフォルト: なし]
-r REF、 - リファレンス=REF
読み取りシミュレーターのリファレンス シーケンス ファイル パターン。 名前のプレースホルダーは
"%s". [デフォルト: ./ref/%s.fasta]
-m マッパー、 --マッパー=マッパー
core/tools.py で定義されたマッパーの識別子 [デフォルト: none]
-i 索引、 - 索引=INDEX
読み取りマッパーのインデックス ファイルを参照します。 名前のプレースホルダーは「%s」です。
[デフォルト: ./ref/%s.fasta]
-t TEMP、 --temp=TEMP
一時的にシミュレートされたデータセットと SAM ファイルを格納するディレクトリ。 [デフォルト: ./temp]
-o でる、 - 出力=OUT
類似度マトリックス ファイルを出力します。 [デフォルト: ./similarity_matrix.npy]
onworks.net サービスを使用してオンラインで create_matrix を使用する
