これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド DBshow です。
プログラム：
NAME
DBshow - Dazzler データベースに保存されている読み取りを表示します
SYNOPSIS
DBショー [-unqUQ] [-wint型(80)] [-m追跡する]+ パス:db|ダム [ 読み取り:ファイル | 読み取り:範囲 ...]
DESCRIPTION
データベース内の要求された読み取りを表示します path.db または path。ダム。 デフォルトでは、コマンドは
トリムされたデータベースに適用されますが、 -u が設定されている場合、DB 全体が使用されます。 読まれない場合
引数が指定されると、データベースまたはデータベース ブロックで読み取られたすべてのデータが表示されます。
それ以外の場合は、入力ファイルまたは指定された整数範囲のリストによって序数位置が与えられます。
データベースのアクティブにロードされている部分。 ファイルの場合は、単に次のものが含まれている必要があります。
読み取りインデックス (XNUMX 行に XNUMX つ)。 それ以外の場合、読み取り範囲は単独の整数または
記号 $。この場合、読み取り範囲はその読み取り値 (最後の読み取り値) だけで構成されます。
$) の場合はデータベース。 ダッシュで区切られた XNUMX つの正の整数を指定することもできます。
整数の範囲を示します。ここでも $ は、そのファイル内の最後に読み取られたインデックスを表します。
アクティブにロードされたデータベース。 たとえば、1 3-5 $ は、読み取り値 1、3、4、5、および最後に読み取られた値を表示します。
アクティブなデータベース。 別の例として、1-$ はアクティブなデータベース (
デフォルト）。
デフォルトでは、読み取りシーケンスの .fasta ファイルが表示されます。 もし -q オプションが設定されている、
その場合、QV ストリームも fasta 形式の非標準修正で表示されます。
Status -n オプションが設定されている場合、DNA シーケンスは 表示されます。 もし -Q オプションが設定されている
.quiva ファイルが表示されます。この場合、 -n -m オプションが設定されていない可能性があります (そして
-q -w オプションは効果がありません)。
XNUMX つ以上のマスクが設定されている場合、 -m オプションの場合、トラック間隔も
追加のヘッダー行に表示され、間隔内の塩基は
他のすべての塩基に使用されるケースとは逆です。 デフォルトでは、出力シーケンスは次のとおりです。
小文字、80 行あたり XNUMX 文字。 の -U オプションは大文字を使用することを指定します。
行ごとの文字数、つまり行幅は、 -w
オプションを選択します。
出力された .fasta または .quiva ファイルは、次の方法で DB に変換できます。 ファスタ2DB（1）と
クイバ2DB(1) ( -q -n オプションが設定されておらず、 -m オプションが設定されています)、XNUMX つに
テスト目的で読み取りのサブセットの DB を作成する簡単な方法。
onworks.net サービスを使用してオンラインで DBshow を使用する
