dicomtonifti - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

dicomtonifti - vtk-dicom CLI

DESCRIPTION

使用法：
ディコントニフティ -o file.nii file1.dcm [file2.dcm ...]

ディコントニフティ -o ディレクトリにジョブを開始します。 - バッチ ファイル1.dcm [ファイル2.dcm ...]

オプション：
-o
出力ファイル (またはディレクトリの場合) - バッチ).

-z -圧縮
出力ファイルを圧縮します。

-r -再帰
サブディレクトリに再帰します。

-b - バッチ
複数のシリーズを一度に実行します。

-s - 静けさ
出力ファイル名をエコーし​​ません。

-v -詳細
詳細なエラー報告。

-L -フォロー-シンボリックリンク
再帰する場合はシンボリック リンクをたどります。

--fsl FSL で使用するためにアキシャル イメージをフォーマットします。

--軸方向への再フォーマット
画像を軸方向に再フォーマットします。

-- スライスの並べ替えなし
スライスの順序を変更しないでください。

-- 行の並べ替えなし
行の順序を変更しないでください。

--列の並べ替えなし
列の順序を変更しないでください。

--並べ替えなし
スライス、行、列の順序を変更しないでください。

--no-qform
NIFTI ファイルに qform を含めないでください。

--ノーフォーム
NIFTI ファイルに sform を含めないでください。

- 音量 N
出力する音量を設定します(0から始まります)。

- バージョン
バージョンを印刷して終了します。

--ビルドバージョン
ソースとビルドのバージョンを出力します。

- 助けて dicomtonifti のドキュメント。

このプログラムは DICOM シリーズを NIfTI ファイルに変換します。

DICOM の位置と方向のメタデータを読み取り、この情報を使用して
からの変換を行った後、NIfTI ヘッダーの qform および sform エントリを生成します。
DICOM 座標系から NIfTI 座標系へ。

デフォルトでは、画像の列の順序も変更され、列の順序が高くなります。
指標は患者のさらに右にあります（矢状画像の場合はさらに右にあります）。
前部）。 同様に、行はより高いインデックスを持つ行が配置されるように再配置されます。
上方（アキシャル画像の場合は前方）。 最後に、スライスの順序を変更します。
列方向、行方向、スライス方向は右手の法則に従います。

画像を軸方向に再フォーマットすることも可能です。
--軸方向への再フォーマット オプション このオプションは、再順序付けなしオプションとは相互に排他的です。
オプション。 結果として得られる方向行列が単位行列になります。

出力 NIFTI ファイルを FMRIB FSL パッケージで使用する場合は、 --fsl
標準の FSL 方向に一致するように画像を再フォーマットするオプション: アキシャル画像と
スライスは下位から上位に配置され、列番号は右から左に増加します。
行番号は後部から前部に向かって増加します。 これによりデータも変換されます
必要に応じて、符号なし 16 ビットから符号付き 16 ビットにタイプを変更します。

バッチモードが選択されている場合、「-o」で指定された出力ファイルはDICOMから構築できます。
属性を指定するには、中括弧内に属性名を指定します。 たとえば、次のように考えてみましょう
以下: "{PatientID}-{StudyDate}/{SeriesDescription}-{SeriesNumber}.nii" または
階層ディレクトリ構造を生成するのに似たもの。 で使用される属性
パスは次のリストから選択する必要があります。

患者 ID、患者名、患者の誕生日、患者の性別、研究 ID、研究の説明、
StudyDate、StudyTime、StudyInstanceUID、SeriesNumber、SeriesDescription、
SeriesInstanceUID、モダリティ、AccessionNumber。

以下は、サブディレクトリを再帰的に実行し、ファイルを圧縮するバッチ モードの例です。
出力ファイルを作成し、結果を現在のディレクトリに置きます。

./obj-x86_64-linux-gnu/bin/dicomtonifti -brz -o {シリーズ説明}-{シリーズ番号}.nii
/パス/へ/dicom/files

onworks.net サービスを使用してオンラインで dicomtonifti を使用する