emmae - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

emma - 多重配列アライメント（ClustalW ラッパー）

SYNOPSIS

エマ -シーケンス セコール [-onlydend トグル] -dend トグル -dendfile ファイル内 [-スロー トグル]
-pwマトリックス リスト -pwdnamatrix リスト -ユーザーマトリックス 変数 -ペアワイズデータファイル ファイル内
-マトリックス リスト -ユーザーマママトリックス 変数 -dnaマトリックス リスト -ウママトリックス 変数
-マママトリックスファイル ファイル内 -pwgapopen フロート -pwgapextend フロート -ktup 整数 -ギャップ 整数
-トップ診断 整数 -窓 整数 -0パーセント boolean [-ギャップペン フロート]
[-gapextend フロート] [-エンドギャップ boolean] [-ギャップ距離 整数] -ノルギャップ boolean
-hgapres string -ギャップなし boolean [-maxdiv 整数] -outseq シーケンスアウトセット
-dendoutfile アウトファイル

エマ -助けて

DESCRIPTION

エマ EMBOSS（「EuropeanMolecular Biology OpenSoftware」のコマンドラインプログラムです。
これは「アライメント：複数」コマンドグループの一部です。

OPTIONS

入力
-シーケンス セコール

-onlydend トグル
デフォルト値：N

-dend トグル
デフォルト値：N

-dendfile ファイル内

-スロー トグル
配列の各ペア間の距離が計算され、これを使用して
最終的な多重アラインメントを導く樹状図を構築する。スコアは
別々のペアワイズアライメントから計算されます。これらは2つの方法で計算できます。
動的計画法（遅いが正確）またはウィルバーとリップマンの方法
（非常に高速だが近似値）。短いシーケンスであれば、低速で正確な方法でも十分である。
ただし、多数の (例: >100) 長い (例: >1000 残基) シーケンスの場合、非常に遅くなります。
デフォルト値：Y

ペアワイズ 整列する オプション
-pwマトリックス リスト
各アミノ酸同士の類似性を説明するスコア表。
3つの「内蔵」重量マトリックスシリーズが提供されています。それぞれ複数の
進化距離に応じて異なる働きをするマトリックス。正確な
詳細はドキュメントをご覧ください。簡単に言うと、複数の行列をメモリに保存し、
アミノ酸距離の全範囲（ほぼ同一の配列から
非常に類似したシーケンスの場合は、厳密な重みを使用するのが最善です。
アイデンティティと最も支持されている保守派にのみ高いスコアを与えるマトリックス
置換。より異なる配列の場合は、「よりソフトな」
他の多くの頻繁な置換に高いスコアを与えるマトリックス。1) BLOSUM
（ヘニコフ）これらのマトリックスは、データベースを実行するために利用できる最良のものであると思われる。
類似性（相同性検索）。使用されるマトリックスは、Blosum80、62、45、30です。2) PAM
（デイホフ）。これらは70年代後半から非常に広く使われてきました。私たちはPAMを使用しています
120、160、250、350の行列。3) GONNET。これらの行列はほぼ
デイホフの手順（上記）と同じだが、より最新のものであり、
はるかに大規模なデータセットに基づく。デイホフモデルよりも感度が高いようだ。
シリーズ。GONNET 40、80、120、160、250、350のマトリックスを使用しています。また、
同一アミノ酸1.0つにXNUMXのスコアを与え、
それ以外の場合はゼロ。この行列はあまり役に立ちません。デフォルト値：b

-pwdnamatrix リスト
一致と不一致に割り当てられたスコアを説明するスコア表
（IUB曖昧コードを含む）。デフォルト値：i

-ユーザーマトリックス 変数

-ペアワイズデータファイル ファイル内

マトリックス オプション
-マトリックス リスト
重み行列の選択肢が表示されるメニューが表示されます。
タンパク質は、Gonnetらによって導き出されたPAMシリーズです。シリーズが使用されていることに注意してください。
実際に使用されるマトリックスは、整列させる配列がどの程度類似しているかによって決まる。
このアライメントステップは、進化の各段階で異なるマトリックスが機能する。
距離。3つの「組み込み」重み付けマトリックスシリーズが提供されています。それぞれは
進化距離に応じて異なる働きをする複数のマトリックス。
詳細はドキュメントをご覧ください。簡単に言うと、複数の行列を
記憶はアミノ酸距離の全範囲（ほぼ同一のアミノ酸から
非常に類似した配列の場合、
厳格な重み付けマトリックスで、アイデンティティと最も好まれるものにのみ高いスコアを与える。
保存的置換。より異なる配列の場合は、
他の多くの頻繁な置換に高いスコアを与える「より柔らかい」マトリックス。1)
BLOSUM（ヘニコフ）。これらのマトリックスは、
データベース類似性（相同性検索）。使用されるマトリックスは、Blosum80、62、45、および
30. 2) PAM（デイホフ）。これらは70年代後半から非常に広く使われてきました。
PAM 120、160、250、350マトリックスを使用する。3) GONNET。これらのマトリックスは
Dayhoffの手順（上記）とほぼ同じ手順を使用していますが、
日付が古く、はるかに大規模なデータセットに基づいています。
Dayhoffシリーズ。GONNET 40、80、120、160、250、350のマトリックスを使用しています。
1.0つの同一のアミノ酸にXNUMXのスコアを与える恒等行列を提供し、
それ以外の場合はスコアは0です。このマトリックスはあまり役に立ちません。代わりに、
独自の行列（1つの行列のみ、系列ではない）で指定します。デフォルト値：b

-ユーザーマママトリックス 変数

-dnaマトリックス リスト
単一の行列（シリーズではない）を選択できるメニューが表示されます。デフォルト値：
i

-ウママトリックス 変数

-マママトリックスファイル ファイル内

NEW
遅く 整列する オプション
-pwgapopen フロート
ペアワイズアラインメントでギャップを生じさせた場合のペナルティ。デフォルト値: 10.0

-pwgapextend フロート
ペアワイズアラインメントにおいて、ギャップを1残基拡張する場合のペナルティ。デフォルト
値：0.1

尊大 整列する オプション
-ktup 整数
これは、使用される完全に一致するフラグメントのサイズです。速度を上げるには増加します（最大= 2
タンパク質の場合は4、DNAの場合は1000）、感度を上げるにはDECREXを押します。長い配列（例：XNUMXを超える）の場合は、
残基数が多い場合は、デフォルト値を増やす必要があるかもしれません。デフォルト値: @($(acdprotein)?1:2)

-ギャップ 整数
これは、高速アラインメントの各ギャップに対するペナルティです。
極端な値を除く速度または感度。デフォルト値: @($(acdprotein)?3:5)

-トップ診断 整数
各対角線上のk組のマッチの数は（仮想ドットマトリックスプロットにおいて）
計算されます。最も一致率の高いものだけがアラインメントに使用されます。
パラメータは数を指定します。減らすと速度が上がり、増やすと感度が上がります。デフォルト
値: @($(acdprotein)?5:4)

-窓 整数
これは、使用される「最適な」対角線のそれぞれの周囲にある対角線の数です。
速度を上げるには値を下げ、感度を上げるには値を上げて下さい。デフォルト値: @($(acdprotein)?5:4)

-0パーセント boolean
デフォルト値：N

ギャップ オプション
-ギャップペン フロート
アライメントに隙間を開けた場合のペナルティ。隙間を開けるペナルティを増やすと
ギャップの頻度を減らします。デフォルト値: 10.0

-gapextend フロート
ギャップを1残基延長する場合のペナルティ。ギャップ延長ペナルティの増加
ギャップを短くします。終端ギャップはペナルティの対象になりません。デフォルト値: 5.0

-エンドギャップ boolean
エンドギャップ分離：エンドギャップを内部ギャップと同様に扱います。
近すぎる隙間を避けます（「隙間分離距離」で設定）。これをオンにすると
オフにすると、端の隙間は無視されます。これは、
末端ギャップが生物学的に意味を持たない断片。デフォルト値：Y

-ギャップ距離 整数
ギャップ分離距離: ギャップが近すぎる可能性を減らすようにします
この距離より小さいギャップは、他のギャップよりもペナルティが大きくなります。
これは隙間を防ぐのではなく、隙間の頻度を減らし、ブロック状の
配置の外観。デフォルト値: 8

-ノルギャップ boolean
残基特異的ペナルティ：アミノ酸特異的ギャップペナルティは、
アラインメントまたは配列の各位置におけるギャップ開始ペナルティ。
例えば、グリシンが豊富な位置では、隣接するギャップが存在する可能性が高くなります。
バリンが豊富な位置よりも。デフォルト値：N

-hgapres string
これは親水性であると「みなされる」残基のセットです。
親水性ギャップペナルティを導入します。デフォルト値: GPSNDQEKR

-ギャップなし boolean
親水性ギャップペナルティ：実行中にギャップが発生する可能性を高めるために使用されます（5または
親水性アミノ酸の残基数が多い。これらはループまたはランダムコイルである可能性が高い。
ギャップがより多く見られる領域。「ギャップ」とみなされる残基は
親水性は '-hgapres' によって設定されます。デフォルト値: N

-maxdiv 整数
このスイッチは、最も遠い関連のある配列のアラインメントを、
最も関連性の高い配列が整列されています。設定はパーセンテージを示しています
シーケンスの追加を遅らせるために必要な同一性レベル。それ以下のシーケンスは
このレベルより他の配列と同一のものは、後でアラインメントされます。デフォルト値：
30

出力
-outseq シーケンスアウトセット

-dendoutfile アウトファイル

onworks.net サービスを使用して emmae をオンラインで使用