これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド fastacmd です。
プログラム：
NAME
fastacmd - BLAST データベースから FASTA シーケンスを取得します
SYNOPSIS
fastacmd [-] [-D N] [-I] [-L 起動停止] [-P N] [-S N] [-T] [-a] [-c] [-d 力] [-i 力]
[-l N] [-o ファイル名] [-p タイプ] [-s 力] [-t]
DESCRIPTION
fastacmd FASTA 形式のシーケンスを 爆風(1) を使用してフォーマットされたデータベース
`-o' オプション。 例 fastacmd 電話はこうなるだろう
fastacmd -d nr -s p38398
OPTIONS
オプションの概要は以下に含まれています。
- 使用状況メッセージを印刷する
-D N データベース全体を何らかの形式でダンプします。
1ファスタ
2 GIリスト
3 アクセッション.バージョンリスト
-I データベース情報のみを出力します (他のすべてのオプションをオーバーライドします)
-L start,stop
抽出するシーケンスの範囲 (start の 0 はシーケンスの先頭、stop の 0 は終了)
シーケンスの、デフォルトはシーケンス全体です)
-P N Protein Identification Group (PIG) による配列の取得 N.
-S N 部分配列上の鎖 (ヌクレオチドのみ):
1 トップ (デフォルト)
2下
-T 要求された配列の分類情報を出力します
-a 重複したアクセッションを取得する
-c ^A (\001) を非冗長定義区切り文字として使用します
-d STR データベース (デフォルトは nr)
-i STR バッチ検索用の GI/アクセッション/遺伝子座を含む入力ファイル
-l N シーケンスの行の長さ (デフォルト = 80)
-o ファイル名
出力ファイル (デフォルト = stdout)
-p type
ファイルの種類:
G 推測 (デフォルト): タンパク質を探し、次にヌクレオチドを探します。
Tタンパク質
Fヌクレオチド
-s STR カンマ区切りの検索文字列。 GI、アクセッション、座位、または fullSeq-id 文字列は、
利用される、 例えば, 555, AC147927, 'gnl|データベース名|タグ'
-t 定義行にはターゲット GI のみを含める必要があります
EXIT ステータス
0正常に完了しました。
1 エラー（下記以外）が発生しました。
2 BLAST データベースが見つかりませんでした。
3 検索 (アクセッション、GI、または分類情報) が失敗しました。
4 分類データベースが見つかりませんでした。
onworks.net サービスを使用してオンラインで fastacmd を使用する
