これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド fdnamlke です。
プログラム：
NAME
fdnamlk - 最尤法によるヌクレオチド系統発生の推定
SYNOPSIS
fdnamlk -シーケンス シークセットオール -インツリーファイル ツリー [-カテゴリ 整数] -割合 配列
-カテゴリー プロパティ [-重み プロパティ] [- 属性 フロート] [-freqsfrom トグル]
-ベース周波数 配列 [-ガンマ リスト] -ガンマ係数 フロート -ngamacat 整数
-不変係数 フロート -ニンバーキャット 整数 -インバルフラク フロート
-nhmmカテゴリ 整数 -hmrates 配列 -hmm確率 配列 -adjsite ブール値
-ラムダ フロート -ごちゃまぜ 整数 -シード 整数 -グローバル ブール値 -長さ ブール値
-outfile アウトファイル [-マス トグル] -アウトツリーファイル アウトファイル [-印刷データ ブール値]
[-進捗 ブール値] [-ツリープリント ブール値] [-ヒプステート ブール値]
fdnamlk -助けて
DESCRIPTION
fdnamlk EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「系統発生:分子配列」コマンド グループの一部です。
OPTIONS
入力
-シーケンス シークセットオール
XNUMX つ以上の配列アライメントを含むファイル
-インツリーファイル ツリー
-カテゴリ 整数
デフォルト値：1
-割合 配列
-カテゴリー プロパティ
-重み プロパティ
NEW
- 属性 フロート
デフォルト値：2.0
-freqsfrom トグル
デフォルト値：Y
-ベース周波数 配列
デフォルト値: 0.25 0.25 0.25 0.25
-ガンマ リスト
デフォルト値: 一定レート
-ガンマ係数 フロート
デフォルト値：1
-ngamacat 整数
デフォルト値：1
-不変係数 フロート
デフォルト値：1
-ニンバーキャット 整数
デフォルト値：1
-インバルフラク フロート
デフォルト値：0.0
-nhmmカテゴリ 整数
デフォルト値：1
-hmrates 配列
デフォルト値：1.0
-hmm確率 配列
デフォルト値：1.0
-adjsite ブール値
デフォルト値：N
-ラムダ フロート
デフォルト値：1.0
-ごちゃまぜ 整数
-シード 整数
デフォルト値：1
-グローバル ブール値
デフォルト値：N
-長さ ブール値
デフォルト値：N
出力
-outfile アウトファイル
-マス トグル
デフォルト値：Y
-アウトツリーファイル アウトファイル
-印刷データ ブール値
デフォルト値：N
-進捗 ブール値
デフォルト値：Y
-ツリープリント ブール値
デフォルト値：Y
-ヒプステート ブール値
デフォルト値：N
onworks.net サービスを使用してオンラインで fdnamlke を使用する
