freecontact - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

freecontact - 高速タンパク質接触予測ツール

SYNOPSIS

フリーコンタクト [オプション]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] <alignment.aln > contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' <alignment.fa | フリーコンタクト
--parprof evfold > contacts.out

フリーコンタクト --ali=アリファイル --適用ギャップ=BOOL --clustpc=NUM --密度=NUM --cov20=BOOL
--estimate-ivcov=BOOL --ギャップ=NUM --icme-timeout=NUM --入力形式=[フラット|xml]
--mincontsep=NUM --output-format =[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-weight=NUM --rho=NUM --threads =NUM --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

DESCRIPTION

FreeContact は、速度を最適化したタンパク質残留接触予測器です。 FreeContact できる
公開されている接触予測因子 EVfold-mfDCA の高速ドロップインとして機能します。
DS。 マークスら。 (2011) [1]、および D. Jones らの PSICOV。 (2011) [2]。

FreeContact は、ベクトル命令、複数のスレッド、および
重要な部分のより迅速な実装。 アライメントに応じて、8 倍以上の高速化
可能です。

意味のある結果を得るには、十分に大きな位置合わせが必要です。 少なくとも、
配列の長さよりも大きい有効な (重み付け後の) 配列数とのアラインメント
クエリシーケンスを使用する必要があります。 数万の（効果的な）シーケンスによるアライメント
は良いインプットとみなされます。

ジャックマー（1）または ふふブリッツたとえば、(1) を使用してアライメントを生成できます。

[1] PLoS ワン。 2011年;6(12):e28766。 土井：10.1371/journal.pone.0028766。 Epub 2011 7 XNUMX。
進化的な配列変異から計算されたタンパク質の 3D 構造。 マークス DS、コルウェル LJ、
シェリダン R、ホップ TA、パニャーニ A、ゼッキーナ R、サンダー C.

[2] バイオインフォマティクス。 2012年15月XNUMX日;28(2):184-90。 Epub 2011 17 XNUMX. PSICOV: 正確
大規模な倍数でのスパースの逆共分散推定を使用した構造接触予測
シーケンスのアライメント。 ジョーンズ DT、バカン DW、コゼット D、ポンティル M.

入力
次の形式がサポートされています。

フラットな
次の単純な入力ファイル形式が使用されます。

# クエリ開始=5
# query=挿入なしのクエリSEQUENCEWITHORINSERTIONS
ギャップ挿入のないクエリシーケンス
-整列---シーケンス--ギャップあり-----
別の整列----------シーケンス

「#」ヘッダー行はオプションです。 ヘッダーラインは接触残留物の計算に使用されます
数値を入力し、特定の出力形式のそれぞれのクエリ残基を検索します。

クエリが定義されていない場合は、アライメント内の最初のシーケンスがクエリとして使用されます。
順序。 クエリ シーケンスには、アラインメントにギャップが含まれていてはなりません。

すべての配置行は同じ長さである必要があり、次の行のみを含めることができます。
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]。 [B] は [D] にマッピングされ、[Z] は [E] にマッピングされ、[JOUX] は
[X]にマッピングされます。 [X] はプログラム全体でそれ自体にのみ一致します。

A2M 入力アライメントは、次を使用して上記の形式に変換できます。
/usr/share/freecontact/a2m2aln。 a2m2aln を使用してアライメントを直接パイプすることができます
フリーコンタクトへ。

XML XNUMX つの XML ドキュメントhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
BioXSD [4] から派生した FreeContact スキーマ [5] で定義された要素。

例： /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

出力
元の EVfold-mfDCA または PSICOV 出力形式は、それぞれの出力形式がデフォルトで使用されます。
パラメータプロファイルが選択されています。

エヴフォールド (EVfold-mfDCA)
5K 6L 0.332129 3.59798
| | | | | + 修正標準 (CN) 接触スコア
| | | | + 相互情報量 (MI) スコア
| | | + 接触アミノ酸残基コード
| | + 接点残基番号
| + 接触アミノ酸残基コード
+ 接点残基番号

連絡先は残基番号に基づいて並べ替えられます。

pfrmat_rr (プシコフ)
CASP 残留物-残留物分離予測 (PFRMAT RR) 形式 [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + コンタクトスコア
| | +-+ 残基ペアに対して予測される Cb-Cb 距離の範囲 [Å]
| | (グリシンの場合はC-アルファ)
| | これら XNUMX つのフィールドは出力では不変です。
| + 接点残基番号
+ 接点残基番号

連絡先はスコアに基づいて降順に並べ替えられます。

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?ページ=フォーマット>

バイオックス
XNUMX つの XML ドキュメントhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
BioXSD [4] から派生した FreeContact スキーマ [5] で定義された要素。

例： /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

注: BioXSD は FreeContact と協力して積極的に開発中であるため、
FreeContact スキーマは、実際には [5] ではまだ利用できないバージョンから派生している可能性があります。

[4]

[5]http://bioxsd.org>

出力には、考えられるすべての連絡先がリストされていない場合があります。

参考文献

提出されました。 FreeContact: 高速かつ無料の直接残留物間の接触予測。
カヤン L、サスティック MA、マークス DS、ホップ TA、カラシュ M、ロスト B.

OPTIONS

-a [ --threads ] 引数
使用するスレッド [0-)。 0 はコアの数を意味します。

--apply-gapth 引数
true の場合、重み付けされたギャップ頻度を持つ残余の列と行を除外します > --ギャップ
共分散行列 [ブール値] から。

-c [ --clustpc ] 引数
BLOSUM クラスタリングのパーセンテージ [0-100]。

--cov20引数
true の場合、共分散行列から XNUMX つのアミノ酸を残し、過剰決定を解除します。
[ブール値]。

-d [ --density ] 引数
ターゲット精度マトリックス密度 [0-1]。 設定 0 密度をコントロールしないこと。

- デバッグ
デバッグをオンにします。

--estimate-ivcov 引数
逆行列 [ブール] の代わりに逆共分散行列推定を使用します。

-f [ --ali ] 引数 (=-)
アライメント ファイル [パス]。 「-」の場合は標準入力。 デフォルト： '-'。

-g [ --gapth ] 引数
重み付きギャップ周波数しきい値 (0-1]。

-h [ --help ]
このヘルプ メッセージを作成します。

-i [ --input-format ] arg (=フラット)
入力形式 [フラット|xml]。

--icme-timeout 引数 (=1800)
逆共分散行列推定タイムアウト (秒単位) [0-)。 各反転に適用
独立して電話をかけます。 タイムアウトが発生すると、プログラムは次のステータスで終了します。 2.

--mincontsep 引数
配列方向の接触残基対の最小分離はアミノ酸で次のように与えられます。
(ji>=arg)。 1 隣接する残基の場合。 [1-)。

-o [ --output-format ] 引数
出力形式 [evfold|pfrmat_rr|bioxsd]。

--parprof 引数 (= デフォルト)
パラメーター プロファイル (オプション) [default|evfold|psicov]。 デフォルトのプロファイルは、 エヴフォールド.

コマンド ライン引数を使用して、プロファイル値をオーバーライドできます。

エヴフォールド
EVfold-mfDCA [1] 互換モードをトリガーします。

プシコフ
PSICOV [2] 互換モードをトリガーします。

pcikov-sd
PSICOV [2] の賢明なデフォルト モードをトリガーします: 固定デフォルト rho、密度制御なし。

-w [ --pscount-weight ] 引数
擬似カウントの重み [0-1]。

-p [ --pseudocnt ] 引数
擬似カウント [0-)。

--ペップ
有効なパラメータを標準エラーに出力します。 このオプションを使用してパラメータを確認します
フリーコンタクト(1)の詳細を実行します。 これは、次の場合に特に便利です。 --パープロフ
オプションは他のオプションと組み合わせて使用​​されます。

--rho 引数
Glasso 正則化パラメータの初期値 [0-)。 負の場合は値を選択してください
自動的に。

--静かな引数 (=0)
標準エラーにはエラー メッセージのみを出力します。 影響しない - デバッグ.

--veczw 引数
利用可能な場合は、ベクトル化されたシーケンスの重み付けを使用します [ブール値]。

- バージョン
印刷版。

EXIT ステータス

0 エラーなし - 成功。

1 不明なエラー。

2 タイムアウト (「 --icme-タイムアウト） 発生した。

例

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

注意事項

最適なパフォーマンスを得るには、Automatically Tuned Linear Algebra Software (ATLAS) を使用してください。
ライブラリ コンパイル on 　 機械 freecontact が実行されている場所。

onworks.net サービスを使用してオンラインで freecontact を使用する