これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド Geneparse です。
プログラム：
NAME
geneparse - シーケンス ファイル ローダー フロントエンド
シナプス
geneparse [options...] [input] [input2 ...] #入力を読み取り、stdout に書き込みます
DESCRIPTION
シーケンス ファイルを読み取り、それをどこか (デフォルトでは stdout) に書き込みます。
入力ファイル内の特定の範囲は file[start,stop] で指定できます。 広場
括弧は、{[()]} のいずれかと置き換えることができます (例: "genome.fa[3000,4000]" または
「genome.fa{3000~4000}」）。 これらはすべてシェルによって解析される可能性があることに注意してください。 また
単語以外の任意の文字を数字の区切りに使用できます。
OPTIONS
--repeatmask|-r
ソフトリピートマスクされたシーケンスを使用します (つまり、小文字の塩基を N に置き換えます)。
--upper|--unmask|-U
すべての塩基を大文字にします。
--length|-l
長さを出力して終了するだけです
--clean|-c
終了時に新しい行を追加しないでください
--バージョン|-V
プログラムバージョンを印刷します
-ヘルプ| -h
ヘルプメッセージを出力します
--出力|-o
出力をファイルに送信します (それ以外の場合は stdout を使用します)。 --output は --clean を意味します。
--静か|-q
すべての警告を沈黙させる
--verbose|-v
多くの追加の詳細を印刷します
onworks.net サービスを使用してオンラインで Geneparse を使用する
