これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンドのゲノム音楽-bmr-calc-wig-covgp です。
プログラム：
NAME
ゲノム音楽 bmr calc-wig-covg - 指定されたウィグル トラックごとに、遺伝子ごとにカバーされた塩基をカウントします
フォーマットファイル。
VERSION
このドキュメントはゲノム音楽 bmr calc-wig-covg バージョン 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18）
SYNOPSIS
ゲノム音楽 bmr calc-wig-covg --roi-file=? --参照シーケンス=? --wig-list=?
--出力ディレクトリ=?
一般的な使用法：
... 音楽 bmr calc-wig-covg \
--wig-list input_dir/wig_list \
--output-dir 出力ディレクトリ/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv
REQUIRED 議論
roiファイル テキスト
ROI のタブ区切りリスト [chr start stopgene_name] (説明を参照)
参照配列 テキスト
FASTA 形式の参照配列へのパス
かつらリスト テキスト
WIG ファイルのタブ区切りリスト [sample_name wig_file] (説明を参照)
出力ディレクトリ テキスト
出力ファイルとサブディレクトリが書き込まれるディレクトリ
DESCRIPTION
このスクリプトは、指定された遺伝子の各遺伝子の ROI を十分にカバーする塩基をカウントします。
Wiggle トラック フォーマット ファイルを作成し、AT、CG (非 CpG)、および CpG カウントに分類します。
また、各サンプルの各遺伝子のすべての ROI にわたってこれらの塩基数を合計しますが、
重複する ROI 内にあるカバーされた塩基は、複数回カウントされることはありません。
これらの合計数。
議論
--roi ファイル
各遺伝子の関心領域 (ROI) は通常、
配列決定、または 2 bp の遺伝子の (複数の転写産物からの) エクソン遺伝子座がマージされています
側面（スプライス接合部）。 遺伝子ごとの塩基数の場合、重複する塩基は次のようになります。
同じ遺伝子の ROI に出現するたびにカウントされます。 これを避けるために、必ず次のことを行ってください
同じ遺伝子の重複する ROI を結合します。 BEDtools の mergeBed を使用すると役立ちます
遺伝子ごとに。
--参照シーケンス
FASTA 形式の参照配列。 参照配列インデックスが見つからない場合
このファイル (.fai ファイル) の隣に、このファイルが作成されます。
--ウィッグリスト
サンプル名と Wiggle トラック フォーマット ファイルの場所を含むファイルを提供します。
各。 XNUMX 行ごとにタブ区切りの [サンプル名 wig_file] 形式を使用します。 追加の列
臨床データなどは許可されますが、無視されます。 Sample_name は、
MAF ファイルで使用される腫瘍サンプル名 (ヘッダー付きの 16 列目)
腫瘍_サンプル_バーコード)。
-- 出力ディレクトリ
以下が作成/書き込まれる出力ディレクトリを指定します: roi_covgs:
ROI ごとにカバーされた各サンプルの塩基カウントを含むサブディレクトリ。 遺伝子_covgs:
各サンプルの遺伝子ごとの塩基数を含むサブディレクトリ。 total_covgs:
サンプルごとの重複しない全体的なカバレッジを含むファイル。
onworks.net サービスを使用して、genome-music-bmr-calc-wig-covgp をオンラインで使用する
