これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド getcds.pl です。
プログラム：
NAME
getcds.pl - さまざまな注釈形式からの CDS 抽出
SYNOPSIS
getcds.pl [オプション] 入力ファイル [出力ファイル] [入力ファイル [出力ファイル] ...]
OPTIONS
オプションは次のとおりです。
redirect => 実行時にリダイレクトを有効にします。 以下で説明します。
Force => 空の .cds ファイルの書き込みを許可します
[出力ファイル]が指定されていない場合は、「[入力ファイル].cds」が使用されます。
.redirect ファイルを使用して実行できる闇の魔法はたくさんあります。 リダイレクトが使用される
通常の動作を変更し、グローバル ベースで適用できます (.redirect ファイル
[入力ファイル] と同じディレクトリ)、および/または入力ごとに ([入力ファイル].redirect)。
リダイレクトは、入力ごとの効果がグローバルな効果の上に適用されるように、この順序で読み取られます。
効果。
Ensembl のダウンロードからのファイル名をそのままにした場合は、適切な Ensembl DB
ソースは自動的に推測されます。
考えられるリダイレクト:
CDS - bioperl ファイルの実行時に検索されるタグ タイプを変更します (デフォルトは CDS)
offset - すべての座標に値を追加します。
+bioperl - 他のリダイレクトベースのデータに加えて、bioperl 経由でアノテーションも抽出します
(直接を使用すると、デフォルトで bioperl のパーサーが無効になります)
ensembl_build - (指定されたスキーマ内の) アンサンブルからデータを取得します
ucsc_build - (指定されたスキーマ内の) データを取得します
murasaki_synth - アライメントから各アンカーの注釈データを合成します (これが
ディレクトリの場合、各入力ファイル (input.lav など) が対応する .anchors かどうかチェックされます。
ファイル (例: input.anchors)。
プライマリ - 外部データから収集したデータから作成するタグのタイプ (例:
アンサンブル、UCSC、またはムラサキ）。 デフォルトは cds リダイレクトと同じです。
chromosome - ファイル名から派生するのではなく、特定の染色体を強制します
gtf - .gtf ファイルから注釈を抽出します
onworks.net サービスを使用してオンラインで getcds.pl を使用する
