これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gffXNUMXps です。
プログラム：
NAME
gff2ps - GFF ファイルから PostScript グラフィカル出力を生成します。
SYNOPSIS
gff2ps [オプション] -- gff_files
DESCRIPTION
このプログラムは、gff 形式のデータ フィールドを持つファイルから色で塗りつぶされたドットプロットを描画します。 の
プログラムは、GFF 形式のゲノム配列上の注釈付き特徴を入力として受け取ります。
PostScript で視覚的な出力を生成します。
OPTIONS
-h オプションの概要を表示します。
-H
指定されたオプションのヘルプのみを表示します。
-V Verbose モードでは、完全なレポートが標準エラーに送信されます (デフォルトでは送信のみです)
警告)。
-v サイレント モード: すべての警告を無効にし、標準エラーにメッセージは送信されません。
-d デフォルトのカスタムファイルを書き込みます（存在する場合は書き換えます）。
-D
指定されたファイル名で新しいデフォルトのカスタムファイルを作成します。
-C
指定されたカスタム ファイルをロードし、デフォルトのカスタム ファイル (.gff2psrc) に追加します。
-s
ページ サイズを変更するのに役立ちます (デフォルトは a4)。
-p ページの向きを縦向きに切り替えます (デフォルトは横向き)。
-G
FOREGROUND の色を設定します (デフォルトは黒)。
-g
BACKGROUND の色を設定します (デフォルトは白)。
-P <#> 出力を分割するために必要なページ数を設定します (デフォルトは XNUMX つ)。
-S <#> 最初のヌクレオチドをズームします (デフォルトはシーケンス起点です)。
-E <#> 最後のヌクレオチドをズームします (デフォルトは配列長です)。
-B <#> ページごとにブロックを設定します (デフォルトは XNUMX つ)。
-N <#> 行ごとにヌクレオチドを設定します (デフォルトは入力 gff- からの最大の配列位置です)
ファイル）。
-b 左から右、上から下にブロックします (デフォルトは上から下が最初です)。
-L ヘッダー (タイトル領域) をオフにします。
-T
タイトルを定義します (デフォルトは入力された gff ファイル名です)。
-t
サブタイトルを定義します (デフォルトはなし)。
-l ページ番号は表示されません。
-O 日付は表示されません。
-o 時間を表示しません。
-M <#> 10 行あたりの大目盛りの数 (デフォルトは XNUMX)。
-K <#> 主目盛はヌクレオチド単位でスケールされます。デフォルトは線のヌクレオチド長です
主目盛番号で除算します (オプション -T を参照)。
-m <#> 主目盛間の副目盛の数 (デフォルトは 10)。
-k <#> 小目盛りのヌクレオチド単位のスケール。デフォルトは主目盛りのサイズを で割った値です。
副目盛番号 (オプション -t を参照)。
-w、 -f フォワードストランド(ワトソン)要素の表示をオフにします。
-NS、 -r 逆ストランド(クリック)要素の表示をオフにします。
-i 鎖独立要素の表示をオフにします。
-0
フレーム「0」の色を設定します（デフォルトは青）。
-1 フレーム「1」の色を設定します（デフォルトは赤）。
-2 フレーム「2」の色を設定します(デフォルトは緑)。
-3 枠「.」の色を設定します。 (デフォルトはオレンジ色です)。
-n 要素位置のラベルをオフにします。
-a プロット上の CopyRight 行をオフにします。
ENVIRONMENT 変数
ユーザーが好みに合わせて設定できる環境変数は XNUMX つあります。
+ シェルを使用して、GFF2PS がデフォルトのファイルを見つけることができるパスを指定できます。
変数「GFF2PS_CFDIR」。 デフォルト値は、GFF2PS を実行しているパスです。
+ 変数を使用して、デフォルトのカスタム ファイル名を定義することもできます
「GFF2PS_CUSTOMFILE」、カスタム ファイルのプログラムのデフォルト ファイル名は「.gff2psrc」です。
+ GFF2PS は、現在のアクセス許可を持つディレクトリにいくつかの一時ファイルを書き込む必要があります。
ユーザーが読み書きできるようになります。 デフォルトの一時ディレクトリのパスは「」に設定されています。/ tmp /" でも君ならできる
変数「GFF2PS_TMP」を使用して、別の一時ディレクトリ パスを割り当てます。
これらの変数を Bourne-shell (bash) で設定します。
エクスポート GFF2PS_CFDIR="パス"
エクスポート GFF2PS_CUSTOMFILE="ファイル名"
エクスポート GFF2PS_TMP="パス"
C シェル (csh) の使用:
setenv GFF2PS_CFDIR "パス"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "ファイル名"
setenv GFF2PS_TMP "パス"
コメント
* 定義されている色は次のとおりです。
基本色：黒、白
可変色: グレー、マゼンタ、バイオレット、ブルー、スカイブルー、シアン、シーグリーン、グリーン、ライム、グリーン、イエロー
オレンジレッドブラウン
バリアブルカラーから「verydark」「dark」「light」のXNUMXつの色合いを得ることができます。
「非常に軽い」という接頭辞。 例: 非常に暗い海緑の暗い海緑の海緑の光海緑
とても明るい海緑
* 定義されているページ サイズは次のとおりです。
A0 から A10、B0 から B10、10x14、エグゼクティブ、フォリオ、元帳、リーガル、レター、クォート、
声明とタブロイド紙。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gff2ps を使用する
