これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド GlamXNUMX です。
プログラム：
NAME
Glam2 - モチーフのギャップのある局所的な配置
SYNOPSIS
グラム2 [オプション] アルファベット my_seqs.fa
以外のアルファベット p or n はアルファベットのファイル名として解釈されます。
DESCRIPTION
GLAM2 は、配列内のモチーフ (通常はアミノ酸やアミノ酸など) を見つけるためのソフトウェア パッケージです。
ヌクレオチド配列。 モチーフとは、繰り返し発生する配列パターンです。典型的な例は次のとおりです。
TATA ボックスと CAAX プレニル化モチーフ。 GLAM2 の主な革新点は、次のことが可能になることです。
モチーフの挿入と削除。
OPTIONS （ディフォルト 設定）
-h
すべてのオプションとそのデフォルト設定を表示します。
-o
出力ファイル（(Linuxで言うところのstdout）).
-r
アライメント実行の数 (10).
-n
改善が見られない場合は、これだけ繰り返した後、各実行を終了します (10000).
-2
両方の鎖、つまり順方向と逆方向の相補鎖を調べます。
-z
アラインメント内の配列の最小数 (2).
-a
整列列の最小数 (2).
-b
整列列の最大数 (50).
-w
整列された列の初期数 (20).
-d
ディリクレ混合物ファイル。
-D
削除疑似カウント (0.1).
-E
非削除疑似カウント (2.0).
-I
挿入擬似カウント (0.02).
-J
非挿入疑似カウント (1.0).
-q
一般的な残基存在量と配列セット固有の残基存在量の重み (1e + 99).
-t
初期温度 (1.2).
-c
n 反復あたりの冷却係数 (1.44).
-u
温度の下限 (0.1).
-p
各反復で進行状況情報を出力します。
-m
サイト サンプリングの移動ごとの列サンプリングの移動 (1.0).
-x
サイトサンプリングアルゴリズム: 0=速い 1=遅い 2=FFT(0).
-s
擬似乱数のシード (1).
onworks.net サービスを使用してオンラインで Glam2 を使用する
