gmap_build - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmap_build - GMAP または GSNAP 用のゲノムデータベース作成ツール

SYNOPSIS

gmap_build [オプション...] -d

DESCRIPTION

gmap_build: GMAP または GSNAP で使用されるゲノムの gmap データベースを構築します。 GMAPの一部
パッケージ、バージョン 2015-12-31。

Makefile を作成するプログラム gmap_setup を使用するための単純化された代替手段。

OPTIONS

-D, --ディレクトリ=STRING
インストールの宛先ディレクトリ (デフォルトは、で指定された gmapdb ディレクトリです)
時間を設定します）

-d, --db=STRING
ゲノム名

-n, -名前=STRING
ファイルで提供される染色体の代替名。 ファイルにはXNUMXつある必要があります
列に元の FASTA 名を含む、変更する各染色体名の行
1 と目的の染色体名を列 2 に入力します。これにより、簡単に変更することができます。
たとえば、「chr」プレフィックスを追加または削除するための染色体の名前。 列 2
名前が変更されていないことを示す空白の場合があります。 このファイルは、
- 選別=名 ゲノムインデックスで染色体の特定の順序を提供します。

-M, --mdflag=STRING
コンティグを染色体座標にマッピングするために NCBI の MD ファイルを使用

-C, --contigs-are-mapped
各 FASTA ヘッダー行で染色体領域を見つけます。 持っているコンティグに役立ちます
染色体座標にマッピングされています。 次の場合は無視されます。 --mdflag 供給される。

-z, - 圧縮=STRING
指定された圧縮タイプを使用します (コンマで区切ります。デフォルトは bitpack64 です) bitpack64 -
SIMD 命令を使用する最新のコンピューター用に最適化 (推奨) all - create
利用可能なすべての圧縮タイプ、現在は bitpack64 none - オフセットを圧縮しません
ファイル (これはサポートされなくなったと思います)

-k, --kmer=INT
ゲノム インデックスの k-mer 値 (許容: 15 以下、デフォルトは 15)

-q genomoe の INT サンプリング間隔 (許容: 1-3、デフォルト 3)

-s, - 選別=STRING
指定されたメソッドを使用して染色体をソートします: none - FASTA で見つかった染色体を使用します
file(s) alpha - 染色体をアルファベット順にソートします (chr10 の前に chr1)。
- chr1、chr1U、chr2、chrM、chrU、chrX、chrY クロム - chr1、chr2、chrM、chrX、chrY、
chr1U、chrU名 - 提供されたファイルに基づいて染色体をソートします -名前 フラグ

-g, --ガンジップ
ファイルは gzip 圧縮されているため、最初に各ファイルをガン圧縮する必要があります

-E, --ファストパイプ=STRING
FASTA ファイルのリストではなく、引数をコマンドとして解釈する

-w INT 各ステップの後、この秒数だけ待機 (スリープ) します (デフォルトは 2)。

-c, --円形=STRING
環状染色体 (コンマで区切られた染色体のリスト、または
XNUMX 行に XNUMX つずつ、環状染色体を含むファイル名)。 を使用する場合 -名前
特徴がある場合は、染色体ではなく、染色体の元の名前を使用する必要があります。
このオプションの代替名。

-e, --nmメッセージ=INT
報告するメッセージ (警告、コンティグ レポート) の最大数 (デフォルトは 50)

--ビルド-サレー=INT
サフィックス配列を構築するかどうか: 0=いいえ、1=はい (デフォルト)

廃止された オプション：
-T STRING
一時的なビルド ディレクトリ (
現在のディレクトリ) gmap_build がビルドされるようになったため、これは不要になりました。
宛先に直接（または -D) ディレクトリ。

GMAPスイートの他のツールは/ usr / lib / gmapにあります

onworks.net サービスを使用してオンラインで gmap_build を使用する