これはコマンド gmod_extract_dbxref_from_gff.plp で、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks の無料ホスティング プロバイダーで実行できます。
プログラム：
NAME
gmod_extract_dbxref_from_gff.pl - ターゲットを持つ GFF3 行から Dbxref を抽出します
属性
SYNOPSIS
% gmod_extract_dbxref_from_gff.pl gff_ファイル名 > 出力ファイル
DESCRIPTION
フォームの GFF3 行の場合:
chr1 CDNA cDNA_match 69388 69593 0 - 。 Dbxref=ソルガム_CDNA:コンティグ_448;ターゲット=コンティグ_448 75 295 +
つまり、Target 属性と Dbxref 属性の両方がある場合、このスクリプトは Dbxref を抽出します。
値を取得し、Dbxref 値のデータベース部分とアクセッション部分のリストを出力します。 これ
機能は、Dbxref 値の標準形式に依存します。
データベースはアクセッションの前に置かれ、コロンで区切られます。
理由
別のスクリプト gmod_make_gff_from_dbxref.pl は、データベースとアクセッションのリストを取得します。
(このスクリプトが提供するように) と FASTA ファイルのディレクトリを作成し、GFF3 ファイルを構築します。
それらのターゲットに対応します。 これらのファイルの用途は、事前に Chado にロードすることです。
データベースに完全なデータが含まれていることを確認するために、計算分析結果がロードされること。
実行された分析の写真。
コマンドライン OPTIONS
なし。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmod_extract_dbxref_from_gff.plp を使用する
