これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmod_load_cvterms.plp です。
プログラム：
NAME
load_cvterms.pl - データベースと比較してファイル内で新しい用語を比較し、
それらを挿入します
SYNOPSIS
使用法: perl load_cvterms.pl -H dbhost -D dbname [-vdntuFo] ファイル
パラメータ
-g GMOD データベース プロファイル名 (ホスト、DB 名、パスワード、ユーザー名、および
ドライバー) デフォルト: 'default'
-s リンク用のデータベース名 (db テーブルにある必要があります。例: GO )
-n 管理された語彙名 (例: 'biological_process')。 オプション。 与えられない場合、
データベース名に関連するすべての名前空間の条件が処理されます。
-F ファイル形式。 obo または go_flat など、Bio::OntologyIO でサポートされているものを使用できます。
デフォルト: obo
-u すべての用語を更新します。 -u がないと、データベース内の用語は更新されません。
定義などの観点から、ファイルの内容。新しい用語は引き続き
追加された。
-v冗長出力
-o エラーと詳細メッセージを書き込むための outfile (オプション)
-t 試用モード。 店舗運営は一切行いません。 (試用モードはテストできません
新しい用語の関連データを挿入する)
GMOD プロファイルを使用しない場合、次のオプションが必要です
-H データベースのホスト名 [-p を使用しない場合は必須]
-D データベース名 [-p を使用しない場合は必須]
-p password (データベースに接続するためにパスワードを提供する必要がある場合)
-r ユーザー名 (データベースに接続するためにユーザー名を指定する必要がある場合)
-d ドライバー名 (postgres の場合は「Pg」など)。 ドライバー名は gmod_config で指定できます
スクリプトは、ファイル内のオントロジーとデータベース内の対応するオントロジーを解析します。
存在する場合。 データベースと比較してファイル内でどの用語が新しいかを比較し、
それらを挿入し、新しいすべての関係を比較して挿入します。 削除します
データベースからのファイルで指定されていない関係。 削除することはありません
データベースからの用語エントリ。
このスクリプトは Chado スキーマ (gmod.org を参照) で動作し、次のテーブルにアクセスします。
db
dbxref
cv
cvterm
cvterm_relationship
cvterm類義語
cvterm_dbxref
cvtermprop
データベースにはあるがファイルにはない用語は、is_obsolete=1 に設定されます。 全ての
データベースに存在する用語が更新され (-u オプションを使用している場合)、
ファイルにある用語定義。 ファイルにはあるがファイルにはない新しい用語
データベースが格納されます。 次のデータは、各用語の挿入/更新に関連付けられています。
用語名
用語の定義
他の用語との関係
同義語
セカンダリ ID
定義 dbxref
コメント
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmod_load_cvterms.plp を使用する
