これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmt-music-proximityp です。
プログラム：
NAME
gmt music proximity - 突然変異のリストに対して近接解析を実行します。
VERSION
このドキュメントでは、gmt music proximity バージョン 0.04 (2016-01-01 at 23:10:19) について説明します。
SYNOPSIS
gmt 音楽近接 --maf-file=? --出力ファイル=? --出力ディレクトリ=? [--max-proximity=?]
[--skip-non-coding] [--skip-silent]
... 音楽の近接性 \
--maf-file input_dir/myMAF.tsv \
--output-dir 出力ディレクトリ/ \
-- 最大近接度 15
REQUIRED 議論
mafファイル テキスト
TCGA MAF 仕様 v2.3 を使用したミューテーションのリスト
出力ファイル テキスト
すべて
出力ディレクトリ テキスト
出力ファイルが書き込まれるディレクトリ
オプション 議論
最大近接 テキスト
2 つのミューテーション間の最大許容 AA 距離
指定されていない場合のデフォルト値「7」
スキップ・ノンコーディング ブーリアン
提供された MAF ファイルから非コーディングの突然変異をスキップします
指定されていない場合、デフォルト値「true」
noskip-ノンコーディング ブーリアン
スキップ・ノンコーディングを「false」にする
スキップサイレント ブーリアン
提供された MAF ファイルからサイレントミューテーションをスキップします
指定されていない場合、デフォルト値「true」
ノースキップサイレント ブーリアン
スキップサイレントを「false」にする
DESCRIPTION
このモジュールは、最初に MAF ファイル内の各変異のアミノ酸位置を計算します。
それぞれのトランスクリプト内。 次に、各突然変異について、1 つの値が計算されます。XNUMX)
によって設定された近接制限内の同じ転写産物上の他の突然変異の数
max-proximity 入力パラメーター、および 2) この中で最も近い他のミューテーションまでの距離
近くのセット。 近接内に別の変異がある変異のみが報告されます
出力ファイルで。
標準バージョン 2.3 MAF ヘッダーに加えて、3 つの列を追加する必要があります。
ツールを使用するには、MAF のこれらの列ヘッダーのヘッダーにこれらの名前が含まれている必要があります。
それらを見つけるには:
Transcript_name - トランスクリプト名（NM_000028 など）amino_acid_change - アミノ
酸変化、p.R290Hなど
c_position - 変更されたヌクレオチド位置 (c.869 など)
出力は、次の列ヘッダーで生成されます: Mutations_Within_Proximity、
Nearest_Mutation、Gene、Transcript、Affected_Amino_Acid(s)、Chr、Start、Stop、Ref_Allele、
Var_Allele、サンプル
作者
ネイサンD.ディーズ博士
ダン・コボルト、MS
Cyriac Kandoth、Ph.D。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmt-music-proximityp を使用する
