gmx-analyze - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-analyze - データセットを分析する

SYNOPSIS

gmx 分析 [-f [<.xvg>]] [-交流 [<.xvg>]] [-msd [<.xvg>]] [-cc [<.xvg>]]
[-距離 [<.xvg>]] [-の [<.xvg>]] [-ええ [<.xvg>]]
[-bal [<.xvg>]] [-装着 [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-[今]
[-xvg ] [-[時間がない] [-b ] [-e ]
[-n ] [-[いいえ]d] [-bw ] [-エラーバー ]
[-[いいえ]統合] [-aver_start ] [-[いいえ]xydy]
[-[いいえ]回帰] [-[no]ルザール] [-臨時雇用者 ]
[-フィットスタート ] [-フィットエンド ] [-フィルター ]
[-[力がない] [-[いいえ]subav] [-[いいえ]oneacf] [-アクレン ]
[-[no]正規化] [-P ] [-fitfn ]
[-開始 ] [-エンドフィット ]

DESCRIPTION

GMX 分析します ASCII ファイルを読み取り、データセットを分析します。 入力ファイルの行は
時間で開始する (オプションを参照) -時間）および任意の数の y-値が続く場合があります。 複数セット
& で区切られた場合も読み取ることができます (オプション -n); この場合、XNUMXつだけ y-値
各行から読み取られます。 # と @ で始まる行はすべてスキップされます。 すべての分析が可能
集合の導関数に対しても行われます (オプション -d).

を除くすべてのオプション -の 　 パワー、点が時間的に等距離にあると仮定します。

GMX 分析します 常に各セットの平均と標準偏差、および
ガウス分布からの XNUMX 番目と XNUMX 番目のキュムラントの相対偏差
同じ標準偏差で。

オプション -交流 自己相関関数を生成します。 時間間隔を必ず
データ ポイント間の間隔は、自己相関の時間スケールよりもはるかに短いです。

オプション -cc セット i の類似性を i/2 周期のコサインでプロットします。 式は次のとおりです。

2 (y(t) cos(i pi t) dt の 0 から T までの積分)^2 / y^0(t) dt の 2 から T までの積分

これは、共分散分析から得られた主成分に役立ちます。
ランダム拡散の主成分は純粋なコサインです。

オプション -msd 平均二乗変位を生成します。

オプション -距離 分布プロットを作成します。

オプション -の セットの平均を生成します。 オプションでエラーバーを追加可能
-エラーバー. エラーバーは、標準偏差、エラーを表すことができます (
ポイントは独立している) またはポイントの 90% を含む間隔 (5% を破棄することにより)
上と下のポイント。

オプション -ええ ブロック平均を使用して誤差推定値を生成します。 セットはいくつかに分けられます
ブロックの数と平均は、ブロックごとに計算されます。 合計平均の誤差は
次のように、m 個のブロック B_i の平均間の分散から計算されます: error^2 =
合計 (B_i - )^2 / (m*(m-1))。 これらのエラーは、ブロック サイズの関数としてプロットされます。
また、自己相関が
XNUMX つの指数の合計。 ブロック平均の検量線は次のとおりです。

f(t) = sigma``*``sqrt(2/T ( alpha (tau_1 ((exp(-t/tau_1) - 1) tau_1/t + 1)) +
(1-アルファ) (タウ_2 ((exp(-t/タウ_2) - 1) タウ_2/t + 1)))),

ここで、T は合計時間です。 alpha、tau_1、tau_2 は、f^2(t) を
エラー^ 2。 実際のブロック平均が検量線に非常に近い場合、エラーは
sigma``*``sqrt(2/T (a tau_1 + (1-a) tau_2)) です。 完全な導出は B で与えられます。
Ｈｅｓｓ，Ｊ．Ｃｈｅｍ． 物理。 116:209-217、2002 年。

オプション -bal 水素結合から超高速の「弾道」成分を見つけて差し引く
例えばOで説明されているように、指数の合計のフィッティングによる自己相関関数。
Ｍａｒｋｏｖｉｔｃｈ，Ｊ．Ｃｈｅｍ． 物理。 129:084505, 2008。最速の用語は、最も
指数の負の係数、または -d、最も負の時間を持つもの
時間 0 での導関数。 -nbalexp 適合する指数の数を設定します。

オプション -宝石 二分子速度定数 ka および kb (オプションで kD) を水素に当てはめます
可逆的ジェミネート組換えモデルによる結合自己相関関数。
最初に弾道コンポーネントを除去することを強くお勧めします。 モデルは O で表示されます。
Ｍａｒｋｏｖｉｔｃｈ，Ｊ．Ｃｈｅｍ． 物理。 129:084505、2008 年。

オプション -フィルター 各セットおよびすべてのセットの RMS 高周波変動を出力します。
フィルタリングされた平均に関して。 フィルターは cos(pi t/len) に比例します。ここで、t
-len/2 から len/2 になります。 len はオプションで提供されます -フィルター. このフィルターは
周期 len/2 および len の振動は、それぞれ 0.79 倍および 0.33 倍です。

オプション -g オプションで指定された関数にデータを当てはめます -fitfn.

オプション パワー データを bt^a に当てはめます。これは at + b に当てはめることによって達成されます。
対数スケール。 最初のゼロ以降または負の値を持つすべてのポイントは無視されます。

オプション -ルザール からの出力に対して Luzar & Chandler 動力学分析を実行します GMX ボンドを選択します。
入力ファイルはから直接取得できます GMX ボンド -交流、そして同じ結果が
生産。

オプション -fitfn で意味のある多数の異なる曲線にカーブ フィッティングを実行します。
分子動力学の文脈、主に指数曲線。 詳細については、
マニュアル。 フィッティング手順の出力を確認するには、オプション -装着 両方を印刷します
元のデータと適合関数を新しいデータ ファイルに追加します。 フィッティング パラメータは次のとおりです。
出力ファイルにコメントとして保存されます。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.xvg>] (グラフ.xvg)
xvgr / xmgrファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-交流 [<.xvg>] (autocorr.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-msd [<.xvg>] （msd.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-cc [<.xvg>] (coscont.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-距離 [<.xvg>] (ディストリビューション.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-の [<.xvg>] (平均.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-ええ [<.xvg>] (errest.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-bal [<.xvg>] (ballisitc.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-装着 [<.xvg>] (fitted.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-g [<.log>] (fitlog.log) （オプション）
ログファイル

その他のオプション：

-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps 　 .pdb ファイル

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

-[時間がない （はい）
入力の時間を予想します

-b （-1）
初めてセットから読み込む

-e （-1）
最後にセットから読み取った時間

-n (1)
& で区切られたセット数を読み取る

-[いいえ]d （いいえ）
導関数を使用する

-bw (0.1)
分布のビン幅

-エラーバー （なし）
エラーバー -の: なし、stddev、エラー、90

-[いいえ]統合 （いいえ）
台形則を使用してデータ関数を数値的に積分する

-aver_start (0)
ここから積分の平均化を開始します

-[いいえ]xydy （いいえ）
XNUMX 番目のデータ セットを積分の y 値のエラーとして解釈する

-[いいえ]回帰 （いいえ）
データに対して線形回帰分析を実行します。 もしも -xydy XNUMX番目のセットが設定されます
Y 値の誤差範囲として解釈されます。 それ以外の場合、複数のデータ セットの場合
が存在すると、多重線形回帰が実行され、定数 A が得られます。
chi^2 = (y - A_0 x_0 - A_1 x_1 - ... - A_N x_N)^2 を最小化します。ここで、Y が最初です
入力ファイルのデータセットと x_i その他。 の情報をお読みください。
オプション -時間.

-[no]ルザール （いいえ）
相関関数に対して Luzar と Chandler の分析を行い、生成された関連
by GMX ボンド. さらに -xydy フラグは XNUMX 番目と XNUMX 番目の列に指定されます
c(t) と n(t) のエラーとして解釈されます。

-臨時雇用者 (298.15)
Luzar 水素結合動力学解析の温度 (K)

-フィットスタート (1)
を得るために相関関数のフィッティングを開始する時間 (ps)
HB の破壊と形成の前進速度定数と後退速度定数

-フィットエンド (60)
を取得するために相関関数のフィッティングを停止する時間 (ps)
HB の破壊と形成の前進速度定数と後退速度定数。 のみ -宝石

-フィルター (0)
これをコサインフィルタでフィルタリングした後の高周波ゆらぎを出力せよ
長さ

-[力がない （いいえ）
データをフィット: bt^a

-[いいえ]subav （はい）
自己相関する前に平均を引く

-[いいえ]oneacf （いいえ）
すべてのセットで XNUMX つの ACF を計算する

-アクレン （-1）
ACFの長さ、デフォルトはフレーム数の半分です

-[no]正規化 （はい）
ACFを正規化する

-P (0)
ACFのルジャンドル多項式の次数（0はなしを示します）：0、1、2、3

-fitfn （なし）
フィット関数：なし、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9

-開始 (0)
相関関数の指数フィットを開始する時間

-エンドフィット （-1）
相関関数の指数フィットを終了する時間-1は、
end

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