これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-check です。
プログラム：
NAME
gmx-check - ファイルをチェックして比較します
SYNOPSIS
gmx チェック [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-f2 [<.xtc / .trr / ...>]] [-s1 [<.tpr>]]
[-s2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr / .gro / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.tex>]] [-vdwfac ]
[-ボンロ ] [-ぼんひ ] [-[いいえ]rmsd] [-公差 ]
[-アブストル ] [-[いいえ]ab] [-ラスター ]
DESCRIPTION
GMX チェック 軌跡を読み取ります（.tng, .trr or .xtc)、エネルギー ファイル (.edr) またはインデックス ファイル
(.ndx)、それらに関する役立つ情報を出力します。
オプション -c ファイル内に座標、速度、ボックスが存在するかどうかをチェックし、閉じるために
コンタクト（より小さい） -vdwfac 結合されていない、つまり、間にはありません -ボンロ & -ぼんひ、すべての
ファンデルワールス半径) とボックスの外側の原子 (これらは、
頻繁に発生しますが問題ありません）。 速度が存在する場合、推定温度は次のようになります。
それらから計算されます。
インデックス ファイルが指定されている場合は、その内容が要約されます。
軌道と .tpr ファイルが与えられます（ -s1) プログラムは次のことをチェックします。
tpr ファイルで定義された結合長は、軌道内で確かに正しいです。 そうでない場合は、
デシャッフルや仮想サイトの問題などにより、一致しないファイルが存在する可能性があります。
これらの旗を使って、 GMX チェック このような問題を簡単にチェックできます。
プログラムは XNUMX つの実行入力を比較できます (.tpr) ファイルの両方の場合 -s1 & -s2 供給されます。
同様に、軌跡ファイルのペアを比較できます ( -f2 オプション)、または次のペア
エネルギー ファイル ( -e2 オプション）。
自由エネルギー シミュレーションの場合、XNUMX つの実行入力ファイルからの A および B 状態トポロジは、
オプションとの比較 -s1 & -ab.
の場合 -m フラグが与えられると、大まかなアウトラインからなる LaTeX ファイルが書き込まれます
論文のメソッドセクション用。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc） （オプション）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-f2 [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc） （オプション）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s1 [<.tpr>] (top1.tpr) （オプション）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-s2 [<.tpr>] (top2.tpr) （オプション）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-c [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr） （オプション）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-e [<.edr>] （ener.edr） （オプション）
エネルギーファイル
-e2 [<.edr>] (ener2.edr) （オプション）
エネルギーファイル
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-m [<.tex>] (ドキュメントテックス) （オプション）
LaTeXファイル
その他のオプション：
-vdwfac (0.8)
警告カットオフとして使用される VdW 半径の合計の割合
-ボンロ (0.4)
分。 フラクト。 結合原子の VdW 半径の合計
-ぼんひ (0.7)
最大。 フラクト。 結合原子の VdW 半径の合計
-[いいえ]rmsd （いいえ）
x、v、f の RMSD を出力する
-公差 (0.001)
2*(ab)/(|a|+|b|) として定義される実数値を比較するための相対許容誤差
-アブストル (0.001)
絶対許容誤差。合計がゼロに近い場合に役立ちます。
-[いいえ]ab （いいえ）
XNUMX つのファイルから A と B トポロジを比較します
-ラスター
比較する最後のエネルギー項 (指定されていない場合は、すべてがテストされます)。 上がることに意味がある
プレッシャーまで。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-check を使用する
