これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows Online エミュレーター、MAC OS Online エミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンド gmx-clustsize です。
プログラム：
NAME
gmx-clustsize - 原子クラスターのサイズ分布を計算する
SYNOPSIS
gmxクラスタサイズ[-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xpm>]] [-わー [<.xpm>]] [-nc [<.xvg>]]
[-mc [<.xvg>]] [-交流 [<.xvg>]] [-hc [<.xvg>]]
[-臨時雇用者 [<.xvg>]] [-mcn [<.ndx>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-あなた ] [-[今] [-xvg ]
[-切る ] [-[no] mol] [-[no] pbc] [-nスキップ ]
[-nlevels ] [-ndf ] [-rgblo ]
[-rgbhi ]
DESCRIPTION
GMX クラスタサイズ ガス中の分子/原子クラスターのサイズ分布を計算する
位相。出力は .xpm ファイル。クラスターの総数は
宛に書かれた .xvg ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。
時 -モル オプションが指定されている場合、クラスターは原子ではなく分子から構成されます。
これにより、大きな分子のクラスタリングが可能になります。この場合、インデックスファイルは
原子番号が含まれていないと、計算は SEGV で終了します。
軌道に速度が存在する場合、最大のクラスターの温度は
別途印刷されます .xvg 粒子が自由に移動できると仮定してファイルを作成します。
制約を使用している場合は、温度を修正してください。たとえば、水のシミュレーションでは
SHAKEやSETTLEを使用すると、1.5倍低い温度になります。
これを補うために -ndf オプション。重心の除去を忘れずに行ってください
動きを考慮に入れる。
当学校区の -mc オプションは、最大の原子番号を含むインデックスファイルを生成します。
クラスタ。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] （topol.tpr） （オプション）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xpm>] (csize.xpm)
XPixMap互換のマトリックスファイル
-わー [<.xpm>] (csizew.xpm)
XPixMap互換のマトリックスファイル
-nc [<.xvg>] (nclust.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-mc [<.xvg>] (maxclust.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-交流 [<.xvg>] (avclust.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-hc [<.xvg>] (ヒストクラスト.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-臨時雇用者 [<.xvg>] （temp.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-mcn [<.ndx>] (maxclust.ndx) （オプション）
インデックスファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-切る (0.35)
クラスター内で考慮される最大距離 (nm)
-[no] mol （いいえ）
原子ではなく分子をクラスター化する（必要 .tpr ファイル）
-[no] pbc （はい）
周期境界条件を使用する
-nスキップ (0)
書き込み間のスキップフレーム数
-nlevels (20)
グレーレベルの数 .xpm 出力
-ndf （-1）
温度計算のためのシステム全体の自由度の数。
設定されていない場合は、原子の数×3が使用されます。
-rgblo (1 1 0)
最も占有されているクラスターサイズの色のRGB値
-rgbhi (0 0 1)
最も占有されているクラスターサイズの色のRGB値
onworks.net サービスを使用して gmx-clustsize をオンラインで使用する
