これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-covar です。
プログラム：
NAME
gmx-covar - 共分散行列を計算して対角化する
SYNOPSIS
gmx コバール [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-の [<.gro / .g96 / ...>]] [-l [<.log>]] [-ASCII [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-あなた ] [-xvg ] [-[no]適合]
[-[いいえ]参照] [-[いいえ]ムワ] [-過去 ] [-[no] pbc]
DESCRIPTION
GMX コバール (質量加重) 共分散行列を計算して対角化します。 全て
構造は構造ファイル内の構造に適合します。 これが実行ではない場合
入力ファイルの周期性は考慮されません。 フィットグループと分析グループの場合
が同一であり、分析が質量重み付けされていない場合、適合も非重み付けされます。
質量加重。
固有ベクトルは軌跡ファイル (-v）。 同じ原子を使うと、
近似および共分散分析では、近似の参照構造が最初に書き込まれます。
t=-1の場合。 平均値（または参考値） - ref が使用されます) 構造体は t=0 で書き込まれます。
固有ベクトルは、タイムスタンプとして固有ベクトル番号を持つフレームとして書き込まれます。
固有ベクトルは次のように分析できます。 GMX アナエイグ.
オプション -ASCII 共分散行列全体を ASCII ファイルに書き込みます。 の順序は、
要素は: x1x1、x1y1、x1z1、x1x2、...
オプション -xpm 共分散行列全体を .xpm ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。
オプション -xpma アトミック共分散行列を .xpm ファイル、つまり原子ペアごとに
xx、yy、zz の共分散の合計が書き込まれます。
行列の対角化にはメモリと時間が必要になることに注意してください。
少なくとも関与する原子数の二乗より速くなります。 足りなくなりやすい
この場合、このツールはおそらく「セグメンテーション違反」で終了します。 あなたがすべき
削減された原子セットがコスト削減のニーズを満たすかどうかを慎重に検討してください。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xvg>] （eigenval.xvg）
xvgr / xmgrファイル
-v [<.trr / .cpt / ...>] （eigenvec.trr）
完全な精度の軌道： てら CPT tng
-の [<.gro / .g96 / ...>] (平均.pdb)
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp
-l [<.log>] (covar.log)
ログファイル
-ASCII [<.dat>] (covar.dat) （オプション）
一般的なデータファイル
-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル
-xpma [<.xpm>] (コバラ.xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-[no]適合 （はい）
参照構造に適合する
-[いいえ]参照 （いいえ）
構造ファイル内の構造からの偏差を使用します。
平均
-[いいえ]ムワ （いいえ）
質量加重共分散分析
-過去 （-1）
書き出す最後の固有ベクトル (-1 は最後まで)
-[no] pbc （はい）
周期的な境界条件の補正を適用する
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-covar を使用する
