これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-current です。
プログラム：
NAME
gmx-current - 誘電率と電流の自己相関関数を計算します
SYNOPSIS
gmx電流[-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]]
[-o [<.xvg>]] [-カフェ [<.xvg>]] [-dsp [<.xvg>]]
[-md [<.xvg>]] [-mj [<.xvg>]] [-mc [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[今] [-xvg ]
[-NS ] [-[no] nojump] [-eps ] [-bfit ]
[-効果 ] [-bvit ] [-エビト ] [-tr ]
[-臨時雇用者 ]
DESCRIPTION
GMX 現在 現在の自己相関関数を計算するためのツールです。
システムの回転双極子モーメントと並進双極子モーメントの相関関係、および
結果として得られる静的誘電率。 適切な結果を得るために、インデックス グループには次のような特徴があります。
中立であること。 さらに、このルーチンは静電気伝導率を抽出することができます。
速度が指定されている場合は、現在の自己相関関数から。 さらに、
アインシュタイン-ヘルファントフィットを使用して静電伝導率を取得できます。
旗 -カフェ は現在の自己相関関数の出力用であり、 -mc 書き込み
双極子モーメントの回転部分と並進部分の相関
対応するファイル。 ただし、このオプションは、次の要素を含む軌道でのみ使用できます。
速度。 オプション -NS -tr の平均化と統合を担当します。
自己相関関数。 平均化は開始点をずらして行うため、
軌道、シフトは次のように変更できます。 -NS 相関関係のないものを選択できるようにする
出発点。 最後に近づくにつれて、統計の不正確さが増大し、
相関関数は、ある時点までは信頼できる値のみを生成します。
フレーム数。 オプション -tr 考慮される積分の領域を制御します
静誘電率を計算します。
オプション -臨時雇用者 静的誘電体の計算に必要な温度を設定します
定数。
オプション -eps シミュレーションのために周囲の媒体の誘電率を制御します
反応フィールドまたは Ewald 合計の双極子補正を使用します (-eps=0 に相当します
錫箔境界条件）。
-[no] nojump 自由な拡散を可能にするために座標を展開します。 これは、
アインシュタイン-ヘルファント近似に必要な連続並進双極子モーメント。 結果
フィッティングから、充電されたシステムの誘電率を決定できます。
分子。 ただし、次の式から誘電率を抽出することもできます。
折り畳まれた座標における総双極子モーメントの変動。 ただし、このオプションは次のようにする必要があります
非常に短い期間のみが次の近似値を満たすため、注意して使用してください。
分子の密度はほぼ一定であり、平均値はすでに収束しています。
安全を期すために、誘電率は次の方法を使用して計算する必要があります。
誘電率の並進部分のアインシュタイン-ヘルファント法。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xvg>] (現在の.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-カフェ [<.xvg>] (caf.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-dsp [<.xvg>] (dsp.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-md [<.xvg>] (md.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-mj [<.xvg>] (mj.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-mc [<.xvg>] (mc.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-NS (1000)
相関関数と平均二乗を平均するためのフレームのシフト
変位。
-[no] nojump （はい）
ボックスを横切る原子のジャンプを除去します。
-eps (0)
周囲の媒体の誘電率。 値ゼロは以下に対応します
無限大 (錫箔境界条件)。
-bfit (100)
の並進分数の MSD への直線の当てはめの開始点
双極子の瞬間。
-効果 (400)
の並進分数の MSD への直線の当てはめの終了点
双極子瞬間。
-bvit (0.5)
現在の自己相関関数の a*t^b への当てはめの開始。
-エビト (5)
現在の自己相関関数の a*t^b への当てはめの終了。
-tr (0.25)
積分のために考慮される軌道の分数。
-臨時雇用者 (300)
イプシロンを計算するための温度。
onworks.net サービスを使用して gmx-current をオンラインで使用する
