gmx_d - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx - 分子動力学シミュレーション スイート

SYNOPSIS

gmx [-[能] [-[いいえ]静か] [-[いいえ]バージョン] [-[いいえ]著作権] [-良い ]
[-[いいえ]バックアップ]

DESCRIPTION

GROMACS は、分子動力学シミュレーションを実行するためのフル機能のプログラム スイートです。
つまり、次を使用して数百から数百万の粒子を含むシステムの動作をシミュレートします。
ニュートンの運動方程式。 主にタンパク質、脂質、およびタンパク質の研究に使用されます。
ポリマーですが、さまざまな化学および生物学の研究に適用できます
質問。

OPTIONS

その他のオプション：

-[能 （いいえ）
ヘルプを印刷して終了する

-[いいえ]静か （いいえ）
一般的な起動情報や引用符を印刷しないでください

-[いいえ]バージョン （いいえ）
拡張バージョン情報を出力して終了する

-[いいえ]著作権 （はい）
起動時に著作権情報を印刷する

-良い (19)
nicelevel を設定します (デフォルトはコマンドによって異なります)

-[いいえ]バックアップ （はい）
出力ファイルが存在する場合はバックアップを書き込む

GMX コマンド

以下のコマンドが利用可能です。 個々のマニュアルページを参照するか、 GMX
助けます 詳細については、。

軌跡 分析
gmx-ガングル(1)
角度を計算する

gmx-距離(1)
位置のペア間の距離を計算する

gmx フリーボリューム(1)
空き容量を計算する

gmx-ペアディスト(1)
位置グループ間のペアごとの距離を計算します

gmx-rdf(1)
動径分布関数を計算する

gmx-sasa(1)
溶媒にアクセス可能な表面積を計算する

gmx-select(1)
選択内容に関する一般情報を印刷する

生成 トポロジ & 座標
gmx-editconf(1)
ボックスを編集してサブグループを作成します

gmx-x2トップ(1)
座標からプリミティブ トポロジを生成する

gmx溶媒和物(1)
システムの溶媒和

gmx-挿入-分子(1)
既存の空孔に分子を挿入する

gmx-genconf(1)
コンフォメーションを「ランダムな」方向で乗算する

gmx世代(1)
エネルギー的に有利な位置に単原子イオンを生成

gmx-genrestr(1)
インデックス グループの位置制約または距離制約を生成する

gmx-pdb2gmx(1)
座標ファイルをトポロジおよび FF 準拠の座標ファイルに変換します

Running: a
gmx-グロムップ(1)
実行入力ファイルを作成する

gmx-mdrun(1)
シミュレーションを実行し、ノーマルモード解析またはエネルギー最小化を実行します。

gmx-変換-tpr(1)
変更した実行入力ファイルを作成する

鑑賞 軌跡
gmx-nmtraj(1)
固有ベクトルから仮想振動軌道を生成する

gmx ビュー(1)
X-Windows ターミナルで軌跡を表示する

処理 エネルギー
gmx-エネマット(1)
エネルギー ファイルからエネルギー マトリックスを抽出する

gmx エネルギー(1)
エネルギーを xvg ファイルに書き込み、平均を表示します

gmx-mdrun(1)
-rerun を使用して軌道フレームのエネルギーを (再) 計算します

加工 ファイル
gmx-editconf(1)
構造ファイルの変換と操作

gmx-eneconv(1)
エネルギーファイルを変換する

gmx-sigeps(1)
c6/12 または c6/cn の組み合わせとシグマ/イプシロン間の変換

gmx-trjcat(1)
軌跡ファイルを連結する

gmx-trjconv(1)
軌跡ファイルの変換と操作

gmx-xpm2ps(1)
XPM (XPixelMap) 行列を Postscript または XPM に変換する

ツール
gmx 分析(1)
データセットを分析する

gmx-dyndom(1)
構造回転の内挿および外挿

gmx フィルター(1)
スムーズなムービーの作成に役立つ周波数フィルターの軌跡

gmx-嘘(1)
線形結合から自由エネルギーを推定する

gmx-モーフ(1)
コンフォメーション間を線形補間する

gmx-pme_error(1)
指定された入力ファイルで PME を使用した場合の誤差を推定します

gmx-シャム(1)
ヒストグラムから自由エネルギーまたは他のヒストグラムを計算します。

gmx-空間(1)
空間分布関数を計算する

gmx-traj(1)
軌道から x、v、f、ボックス、温度、回転エネルギーをプロット

gmx-tune_pme(1)
設定を最適化するための PME ランクの関数としての mdrun の時間

gmx-ワム(1)
アンブレラサンプリング後に加重ヒストグラム分析を実行する

gmxチェック(1)
ファイルの確認と比較

gmx ダンプ(1)
バイナリファイルを人間が読める形式にする

gmx-make_ndx(1)
インデックスファイルを作成する

gmx-mk_angndx(1)
「gmx angle」のインデックス ファイルを生成します

gmx-trjorder(1)
グループまでの距離に応じて分子を並べる

gmx-xpm2ps(1)
XPM (XPixelMap) 行列を Postscript または XPM に変換する

距離 の間に 構造
gmx クラスター(1)
クラスター構造

gmx-確認(1)
XNUMX つの構造を当てはめて RMSD を計算します

gmx-rms(1)
参照構造と RMSD 行列を使用して RMSD を計算する

gmx-rmsf(1)
原子のゆらぎを計算する

距離 in 構造 が 時間
gmx-マインドスト(1)
XNUMX つのグループ間の最小距離を計算します

gmx-mdmat(1)
残留物接触マップの計算

gmx-ポリスタット(1)
ポリマーの静的特性を計算する

gmx-rmsdist(1)
-2、-3、または -6 乗で平均した原子ペアの距離を計算します

質量 ディストリビューション プロパティ が 時間
gmx-ジャイレート(1)
回転半径を計算する

gmx-msd(1)
平均二乗変位を計算します

gmx-ポリスタット(1)
ポリマーの静的特性を計算する

gmx-rdf(1)
動径分布関数を計算する

gmx-rotacf(1)
分子の回転相関関数を計算する

gmx-rotmat(1)
参照構造に適合させるための回転行列をプロットする

gmxさん(1)
小角中性子散乱スペクトルを計算する

gmx-サックス(1)
小角X線散乱スペクトルの計算

gmx-traj(1)
軌道から x、v、f、ボックス、温度、回転エネルギーをプロット

gmx-バンホーブ(1)
Van Hove 変位関数と相関関数を計算する

分析する 担保付き 相互作用
gmx-角度(1)
角度と上反角の分布と相関を計算します。

gmx-mk_angndx(1)
「gmx angle」のインデックス ファイルを生成します

構造上の プロパティ
gmx アナドック(1)
Autodock 実行からのクラスター構造

gmx バンドル(1)
軸の束（ヘリックスなど）を分析する

gmx-clustsize(1)
原子クラスターのサイズ分布を計算する

gmx-disre(1)
距離制約を分析する

gmx-hbond(1)
水素結合の計算と分析

gmx-order(1)
炭素尾部の原子ごとの秩序パラメータを計算する

gmx プリンシパル(1)
原子グループの慣性主軸を計算する

gmx-rdf(1)
動径分布関数を計算する

gmx-saltbr(1)
塩橋を計算する

gmx-ソリエント(1)
溶質周囲の溶媒配向を分析

gmx-spol(1)
溶媒双極子の配向と溶質周囲の分極を分析

動的 プロパティ
gmx バー(1)
ベネットの許容率を通じて自由エネルギーの差の推定値を計算する

gmx-現在(1)
誘電率と電流自己相関関数の計算

gmx-dos(1)
それに基づいて状態とプロパティの密度を分析します。

gmx-色素結合(1)
軌跡から色素ダイナミクスを抽出

gmx プリンシパル(1)
原子グループの慣性主軸を計算する

gmx-tcaf(1)
液体の粘度を計算する

gmx-traj(1)
軌道から x、v、f、ボックス、温度、回転エネルギーをプロット

gmx-バンホーブ(1)
Van Hove 変位関数と相関関数を計算する

gmx-veacc(1)
速度自己相関関数の計算

静電気 プロパティ
gmx-現在(1)
誘電率と電流自己相関関数の計算

GMX-誘電体(1)
周波数依存の誘電率を計算する

gmx ダイポール(1)
合計双極子と変動を計算します。

gmx の可能性(1)
ボックス全体の静電位を計算します。

gmx-spol(1)
溶媒双極子の配向と溶質周囲の分極を分析

gmx世代(1)
エネルギー的に有利な位置に単原子イオンを生成

タンパク質特異的 分析
gmx-do_dssp(1)
二次構造を割り当て、溶媒にアクセス可能な表面積を計算します

gmx-カイ(1)
カイやその他の二面体について知りたいことをすべて計算します

gmx-ヘリックス(1)
αヘリックスの基本特性を計算する

gmx-ヘリックスオリエント(1)
らせん内部の局所的なピッチ/曲がり/回転/方向を計算します

gmx-ラマ(1)
ラマチャンドラン プロットを計算する

gmx ホイール(1)
ヘリカル ホイールをプロットする

インターフェース
gmx バンドル(1)
軸の束（ヘリックスなど）を分析する

gmx密度(1)
系の密度を計算する

gmx-デンスマップ(1)
2D 平面または軸-放射状密度マップを計算

gmx-デンオーダー(1)
表面変動の計算

gmx-h2オーダー(1)
水の分子の向きを計算する

gmx-ハイドラー(1)
指定された原子の周囲の四面体パラメータを計算します

gmx-order(1)
炭素尾部の原子ごとの秩序パラメータを計算する

gmx の可能性(1)
ボックス全体の静電位を計算します。

共分散 分析
gmx-アナエイグ(1)
固有ベクトルを解析する

gmx-covar(1)
共分散行列を計算して対角化する

gmx-make_edi(1)
重要なダイナミクスサンプリング用の入力ファイルを生成する

ノーマル モード
gmx-アナエイグ(1)
通常モードを分析する

gmx-nmeig(1)
ノーマルモード解析のためにヘッセ行列を対角化する

gmx-nmtraj(1)
固有ベクトルから仮想振動軌道を生成する

gmx-nmens(1)
通常モードから構造のアンサンブルを生成する

gmx-グロムップ(1)
実行入力ファイルを作成する

gmx-mdrun(1)
位置エネルギーの最小値を見つけてヘシアンを計算します。

COPYRIGHT

2015年、GROMACS開発チーム

onworks.net サービスを使用して gmx_d をオンラインで使用する