これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-densmap です。
プログラム：
NAME
gmx-densmap - 2D 平面または軸-放射状密度マップを計算します
SYNOPSIS
gmx 密度マップ [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[今] [-置き場 ] [-平均 ]
[-xmin ] [-xmax ] [-n1 ] [-n2 ]
[-アマックス ] [-rmax ] [-[いいえ]鏡] [-[いいえ]合計]
[-ユニット ] [-dmin ] [-dmax ]
DESCRIPTION
GMX デンスマップ 2D 数密度マップを計算します。 平面および軸方向の半径方向の密度を作成できます
地図。 出力 .xpm ファイルは、たとえば xv で視覚化でき、次のように変換できます。
追記付き xpm2ps。 オプションで、出力をテキスト形式で .DAT ファイル -od,
通常の代わりに .xpm ファイル -o.
デフォルトの分析は、xy 内の選択された原子グループの 2 次元数密度マップです。
飛行機。 平均化方向はオプションで変更可能 -平均。 時 -xmin および
-xmax 平均方向の制限内にある原子のみが取得されるように設定されています
考慮に入れてください。 グリッドの間隔はオプションで設定します。 -置き場。 時 -n1 or -n2 ゼロではない、
グリッドのサイズはこのオプションによって設定されます。 ボックスサイズの変動を適切に考慮
アカウント。
オプションの場合 -アマックス -rmax を設定すると、軸-動径数-密度マップが作成されます。 三つ
グループを指定する必要があります。最初の XNUMX つのグループの重心が軸を定義します。
XNUMX 番目は分析グループを定義します。 軸方向は -amax から +amax になります。
中心は質量中心と正の中心の間の中点として定義されます。
方向は、第 XNUMX 重心から第 XNUMX 重心へ向かいます。 半径方向は進みます
0 から rmax まで、または -rmax から +rmax まで -鏡 オプションが設定されています。
出力の正規化は次のように設定されます。 -ユニット オプション。 デフォルトでは true が生成されます
数密度。 ユニット nm-2 平均化または角度の正規化を省略します。
方向。 オプション カウント 各グリッドセルのカウントを生成します。 を望まないときは、
出力をゼロから最大密度までスケールインします。最大値は次のように設定できます。
オプション -dmax.
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr） （オプション）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-od [<.dat>] (デンスマップ.dat) （オプション）
一般的なデータファイル
-o [<.xpm>] (デンスマップ.xpm)
XPixMap互換のマトリックスファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps .pdb ファイル
-置き場 (0.02)
グリッドサイズ (nm)
-平均 （z）
平均する方向: z、y、x
-xmin （-1）
平均化の最小座標
-xmax （-1）
平均化の最大座標
-n1 (0)
第 XNUMX 方向のグリッド セルの数
-n2 (0)
第 XNUMX 方向のグリッド セルの数
-アマックス (0)
中心からの最大軸方向距離
-rmax (0)
最大半径距離
-[いいえ]鏡 （いいえ）
軸軸の下に鏡像を追加します。
-[いいえ]合計 （いいえ）
印刷濃度合計 (1D マップ) を標準出力に出力
-ユニット (nm-3)
出力の単位：nm-3、nm-2、count
-dmin (0)
出力の最小濃度
-dmax (0)
出力の最大密度 (0 は計算することを意味します)
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-densmap を使用する
