これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドgmx-densorderです。
プログラム：
NAME
gmx-densorder-表面の変動を計算します
SYNOPSIS
gmx デンソーダ [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [または [<.out> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[-スペクトル [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[今] [-[no] 1d] [-bw ]
[-bwn ] [-注文 ] [-軸 ]
[-方法 ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblock ] [-nlevel ]
DESCRIPTION
GMX デンソーダ MDで計算された、軸に沿ったXNUMX相密度分布を減らします
軌道、時間とともに変動する2Dサーフェスへの、機能プロファイルへの適合による
界面密度。 インターフェイスの時間平均された空間表現は、
オプション付きの出力 -タグ.
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] （index.ndx）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.dat>] （Density4D.dat） （オプション）
一般的なデータファイル
または [<.out> [...]] （hello.out） （オプション）
一般的な出力ファイル
-og [<.xpm> [...]] （interface.xpm） （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル
-スペクトル [<.out> [...]] （intfspect.out） （オプション）
一般的な出力ファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル
-[no] 1d （いいえ）
疑似1dインターフェースジオメトリ
-bw (0.2)
界面に接する密度分布のビン幅
-bwn (0.05)
インターフェースに正規分布する密度分布のビン幅
-注文 (0)
ガウスフィルターの次数、次数0はフィルタリングなしに相当します
-軸 （Z）
軸方向-X、Y、またはZ
-方法 （二等分）
インターフェースの位置特定方法：二等分、機能的
-d1 (0)
かさ密度フェーズ1（小さいzで）
-d2 (1000)
かさ密度フェーズ2（大きなzで）
-tblock (100)
XNUMXつのタイムブロック平均のフレーム数
-nlevel (100)
2Dの高さレベルの数-XPixMaps
onworks.netサービスを使用してオンラインでgmx-densorderを使用する
