これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-disre です。
プログラム：
NAME
gmx-disre - 距離制約の分析
SYNOPSIS
gmx 嫌悪 [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-c [<.ndx>]] [-ds [<.xvg>]] [-in [<.xvg>]] [-dn [<.xvg>]]
[-dm [<.xvg>]] [-博士 [<.xvg>]] [-l [<.log>]] [-q [<.pdb>]]
[-x [<.xpm>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[今]
[-xvg ] [-ntop ] [-maxdr ]
[-nlevels ] [-[いいえ]XNUMX番目]
DESCRIPTION
GMX 苦痛 距離制限の違反を計算します。 プログラムは常に次の値を計算します。
この分析は時間平均ではなく瞬間的な違反を対象としています。
軌跡ファイルを作成した後、時間平均を使用しても意味がありません。 ただし、時間は
拘束ごとの平均値がログ ファイルに記録されます。
インデックス ファイルを使用して、印刷用の特定の制約を選択できます。
オプションの場合 -q フラグが与えられる .pdb 平均値によって色分けされたファイル
違反。
時 -c オプションを指定すると、フレームを含むインデックス ファイルが読み取られます。
(別の方法で定義された) クラスタに対応する軌跡
分析する。 これらのクラスターの場合、プログラムは XNUMX 番目のクラスターを使用して平均違反を計算します。
電力平均化アルゴリズムを実行し、ログ ファイルに出力します。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (viol.ndx) （オプション）
インデックスファイル
-c [<.ndx>] (clust.ndx) （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-ds [<.xvg>] (drsum.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-in [<.xvg>] (draver.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-dn [<.xvg>] (drnum.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-dm [<.xvg>] (drmax.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-博士 [<.xvg>] (restr.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-l [<.log>] (disres.log)
ログファイル
-q [<.pdb>] (viol.pdb) （オプション）
タンパク質データバンクファイル
-x [<.xpm>] (行列.xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-ntop (0)
ステップごとにログ ファイルに保存される大規模な違反の数
-maxdr (0)
行列出力の最大距離違反。 0 以下の場合は最大値
データによって決まります。
-nlevels (20)
マトリックス出力のレベル数
-[いいえ]XNUMX番目 （はい）
マトリックス出力には逆 XNUMX 乗平均または線形を使用する
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-disre を使用する
