gmx-grompp - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-grompp - 実行入力ファイルを作成する

SYNOPSIS

gmx グランプ [-f [<.mdp>]] [-c [<.gro / .g96 / ...>]] [-r [<.gro / .g96 / ...>]]
[-rb [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
[-t [<.trr / .cpt / ...>]] [-e [<.edr>]]
[- ref [<.trr / .cpt / ...>]] [-ぽ [<.mdp>]] [-pp [<.top>]]
[-o [<.tpr>]] [-imd [<.gro>]] [-[no] v] [-時間 ]
[-[いいえ]rmvsbds] [-マックスワーン ] [-[いいえ]ゼロ] [-[no] renum]

DESCRIPTION

GMX グランプ (gromacs プリプロセッサ) 分子トポロジー ファイルを読み取り、有効性をチェックします
ファイルのトポロジーを分子記述から原子記述に拡張します。
トポロジ ファイルには、分子の種類と分子の数に関する情報が含まれています。
プリプロセッサは必要に応じて各分子をコピーします。 個数に制限はありません
分子の種類。 結合と結合角は、個別に拘束に変換できます。
水素と重原子。 次に、座標ファイルが読み込まれ、速度を生成できます。
リクエストに応じてマクスウェル分布から取得します。 GMX グランプ パラメータも読み取ります GMX
ムドラン (例: MD ステップ数、タイム ステップ、カットオフ)、および NEMD パラメータなどのその他のパラメータ、
正味加速度がゼロになるように修正されます。 最終的にバイナリファイルは
MD プログラムの唯一の入力ファイルとして機能するように作成されます。

GMX グランプ トポロジ ファイルの原子名を使用します。 座標内の原子名
ファイル（オプション） -c) は、原子名と一致しない場合に警告を生成するためにのみ読み取られます。
トポロジ内で。 原子名はシミュレーションには無関係であることに注意してください。
原子タイプは相互作用パラメータの生成に使用されます。

GMX グランプ 組み込みのプリプロセッサを使用して、インクルード、マクロなどを解決します。プリプロセッサ
次のキーワードをサポートします。

#ifdef 変数
#ifndef 変数
＃その他
#endif
#変数を定義
#undef 変数
#include "ファイル名"
＃含む

トポロジ内のこれらのステートメントの機能は、
次の XNUMX つのフラグ .mdp ファイル：

定義 = -DVARIABLE1 -DVARIABLE2
include = -I/ホーム/ジョン/ドウ

さらに詳しい情報については、C プログラミングの教科書が役立つかもしれません。 を指定する -pp
flag は、前処理されたトポロジ ファイルを書き出すので、そのファイルを確認できるようになります。
内容。

位置拘束を使用する場合、拘束座標を含むファイルを提供できます。 -r,
それ以外の場合は、構造に関して抑制が行われます。 -c オプションを選択します。
自由エネルギーを計算するには、B トポロジの座標を次のように指定できます。
-rbそれ以外の場合、それらは A トポロジのものと等しくなります。

開始座標は軌道から読み取ることができます。 -t。 座標を含む最後のフレーム
そうでない限り、速度が読み取られます。 -時間 オプションが使用されます。 この情報がある場合にのみ、
座標が存在しない場合、 -c ファイルが使用されます。 これらの速度はそうではないことに注意してください。
次の場合に使用します gen_vel = はい 自分で .mdp ファイル。 エネルギーファイルは以下で供給できます -e 〜へ
Nose-Hoover および/または Parrinello-Rahman 結合変数を読み取ります。

GMX グランプ を指定するだけでシミュレーションを再開する (連続性を維持する) ために使用できます。
チェックポイントファイル -t。 ただし、単純に実行ステップ数を変更して、
実行、使用 GMX 変換-tpr よりも便利です GMX グランプ。 次に、古いものを供給します
チェックポイントファイルを直接 GMX ムドラン 　 -cpi。 アンサンブルを変更したい場合や、
出力頻度など、チェックポイント ファイルを提供する GMX グランプ 　 -t
新しいと一緒に .mdp ファイル -f が推奨される手順です。 実際に保存しているのは、
アンサンブルでは (可能であれば) チェックポイント ファイルを渡す必要があります。 GMX ムドラン -cpi.

デフォルトでは、仮想サイトにより一定のエネルギーを持つすべての結合インタラクション
建築物は撤去されます。 この一定のエネルギーがゼロでない場合、次のような結果が生じます。
総エネルギーの変化。 すべての結合された相互作用はオフにすることで維持できます -RMVSBDS.
さらに、距離に関するすべての制約は、次の理由により一定になります。
仮想サイトの構造は削除されます。 何らかの制約が残っている場合は、
仮想サイトでは、致命的なエラーが発生します。

実行入力ファイルを確認するには、画面上のすべての警告に注意し、修正してください。
必要に応じて。 の内容も併せてご覧ください mdout.mdp ファイル; これにはコメントが含まれています
行、および入力 GMX グランプ 読みました。 迷ったら始めてもいいよ GMX
グランプ -デバッグ というファイルに詳細情報が表示されるオプション
グロムップ.ログ (実際のデバッグ情報とともに)。 実行入力ファイルの内容を確認できます
GMX ダンプ プログラム。 GMX PowerSchoolで、緊急連絡先情報を定期的にチェックし、 XNUMX つの実行入力の内容を比較するために使用できます。
ファイル。

当学校区の -マックスワーン オプションを使用すると、によって出力される警告をオーバーライドできます。 GMX グランプ そうでなければ
出力を停止します。 場合によっては、警告は無害ですが、通常はそうではありません。 ユーザーは
出力メッセージをバイパスする前に、出力メッセージを注意深く解釈することをお勧めします。
このオプション。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.mdp>] （grompp.mdp）
MDパラメータを含むgrompp入力ファイル

-c [<.gro / .g96 / ...>] （conf.gro）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr

-r [<.gro / .g96 / ...>] （conf.gro） （オプション）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr

-rb [<.gro / .g96 / ...>] （conf.gro） （オプション）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr

-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル

-p [<.top>] （topol.top）
トポロジファイル

-t [<.trr / .cpt / ...>] （traj.trr） （オプション）
完全な精度の軌道： てら CPT tng

-e [<.edr>] （ener.edr） （オプション）
エネルギーファイル

入出力ファイルを指定するオプション:

- ref [<.trr / .cpt / ...>] (rotref.trr) （オプション）
完全な精度の軌道： てら CPT tng

出力ファイルを指定するオプション：

-ぽ [<.mdp>] (mdout.mdp)
MDパラメータを含むgrompp入力ファイル

-pp [<.top>] (加工済み.トップ) （オプション）
トポロジファイル

-o [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル

-imd [<.gro>] (imdgroup.gro) （オプション）
Gromos-87 形式の座標ファイル

その他のオプション：

-[no] v （いいえ）
大声で騒々しい

-時間 （-1）
この時間以降、または最初にフレームを取得します。

-[いいえ]rmvsbds （はい）
仮想サイトとの継続的な結合インタラクションを削除する

-マックスワーン (0)
入力処理中に許可される警告の数。 通常の使用ではなく、
不安定なシステムを生成する

-[いいえ]ゼロ （いいえ）
結合されたインタラクションのパラメータをデフォルトなしで、代わりにゼロに設定します。
エラーが発生する

-[no] renum （はい）
アトムタイプの番号を付け直し、アトムタイプの数を最小限に抑える

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